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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】做静电势时格点的选取

在做静电势时,gaussian中选取格点时,好像是规则有对称性的选取格点。我现在需要:对优化好的分子建立3维网格。The grid is calculated for 2500 points per atom,sampled randomly from 0 to a maximum distance of 8 Å from any atom.
这样建立格点不知道怎样建立?如果无法手动输入,怎样改gaussian代码?
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-11-6 11:17:
当在#行用关键词cube=(potential,cards)时,3维网格点是可以自取的。
包含分别指定每边的格点数、3维网格起始原点和分别指定每边点的间隔。可根据你的需要设计、选取。
具体操作、语法,相关手册都有讲解和示例 ...

这些我都看过,但好像与我问的不一样吧。
用cube=(potential,cards),这个很依赖与坐标,如果用z坐标,笛卡尔坐标等,取不同坐标,用cube=(potential,cards),用各自坐标算出的静电势都不相同。如果每个原子取2500个格点,任意取得距离为8埃时;这样选取格点时就不会依赖于坐标,这种方法叫CHELP-BOW方法。
4楼2009-11-06 12:21:01
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zlding

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-6 11:41
wuy069(金币+1,VIP+0): 11-6 12:22
命令行加cube=(potential,cards)
分子坐标后空行
a.cube               输出文件名称(可要可不要)
IFlag, X0, Y0, Z0 输出单元编号和网格原点。
N1, X1, Y1, Z1    X-方向的点数和点的间隔。
N2, X2, Y2, Z2    Y-方向的点数和点的间隔。
N3, X3, Y3, Z3    Z-方向的点数和点的间隔。
这个在zhou的教程中也有详细的说明的,本版就可以下载到
2楼2009-11-06 10:59:00
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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 11-6 11:41
wuy069(金币+2,VIP+0): 11-6 12:22
wuy069(金币+2,VIP+0): 11-13 15:29
当在#行用关键词cube=(potential,cards)时,3维网格点是可以自取的。
包含分别指定每边的格点数、3维网格起始原点和分别指定每边点的间隔。可根据你的需要设计、选取。
具体操作、语法,相关手册都有讲解和示例,本论坛也多次讨论过。
最近还有在cubegen对话中如何自己选取、输入3维网格点的。
3楼2009-11-06 11:17:22
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