24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 734  |  回复: 5
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

[交流] [color=Blue]咨询:系统发育树菌株间相似度的问题[/color]

采用neighbour-joining 的方法将菌株建立系统发育树,树上菌株之间的距离和相似度的高低不一致,也就是距离较近的菌株之间反而没有距离远的菌株间的相似度高,不知道做这方面的大家是否碰到这样的问题?大家有谁能给我解答一下?谢谢
期待中……

回复此楼

» 猜你喜欢

Thatislife,onlylifehurts.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wwling

铜虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
同意楼上的
个人感觉 构建系统发育树的时候  各菌株序列要选好 最好长度要一致 才有可比性
我是先用clustal X 比对的,通常生成序列的时候要注意掐头去尾
4楼2009-11-05 19:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

pph0259

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-5 18:36
个人理解:距离远近代表进化的方向是否一致;相似性代表进化的分歧大小。
2楼2009-11-05 17:51:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mhx102006

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也碰到过,个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp,B序列为1200bp,而A序列中的碱基均包含在B序列中,那么这两个序列之间的距离为0,而相似性则不是100%;当C序列的长度为1100bp,而C序列尽管跟B序列哪怕有1-2个碱基不同,也就是他们的距离非0,但是B与C的相似性要高于A与B的相似性。
3楼2009-11-05 18:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by mhx102006 at 2009-11-5 18:41:
我也碰到过,个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp,B序列为1200bp,而A序列中的碱基均包含在B序列中,那么这两个序列之间的距离为0,而相似性则不是100%;当C序列的长度为1100bp,而C ...

谢谢你的答复你表述的很清楚,我明白你意思,我再思考思考……

[ Last edited by zhaoyu2881 on 2009-11-9 at 23:21 ]
Thatislife,onlylifehurts.
5楼2009-11-05 22:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +27 2261744733 2026-04-11 27/1350 2026-04-14 08:49 by gretl
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] 297求调剂 +22 ORCHID1 2026-04-10 25/1250 2026-04-13 23:11 by pies112
[考研] 284求调剂 +16 让我上岸吧阿西 2026-04-09 16/800 2026-04-13 22:18 by pies112
[考研] 求调剂 +9 吃口冰激凌 2026-04-07 9/450 2026-04-13 08:46 by 紫曦紫棋
[考研] 求调剂288 +7 ioodiiij 2026-04-10 9/450 2026-04-13 08:33 by Hayaay
[考研] 求调剂,262机械专硕 +8 嗯yyl 2026-04-08 8/400 2026-04-12 02:31 by 秋豆菜芽
[考研] 求调剂 +6 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-11 20:14 by 逆水乘风
[考研] 11408。358求调剂 +3 TMYzds 2026-04-07 3/150 2026-04-11 17:10 by 氮气气气
[考研] 298求调剂 +5 残荷新柳 2026-04-07 5/250 2026-04-11 11:02 by 紫曦紫棋
[考研] 一志愿211,化学310分,本科重点双非,求调剂 +23 努力奋斗112 2026-04-08 23/1150 2026-04-10 23:29 by 314126402
[考研] 085800 能源动力求调剂 +6 阿biu啊啊啊啊啊 2026-04-10 6/300 2026-04-10 15:03 by hemengdong
[考研] 367求调剂 +10 hffQAQ 2026-04-09 10/500 2026-04-09 18:06 by lijunpoly
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +8 bradoner 2026-04-08 9/450 2026-04-09 13:43 by only周
[考研] 0860004 求调剂 309分 +6 Yin DY 2026-04-09 6/300 2026-04-09 10:19 by 啊李999
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 求考研材料调剂 +3 材化李可 2026-04-07 3/150 2026-04-08 00:21 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见