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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » [color=Blue]咨询：系统发育树菌株间相似度的问题[/color]
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

[交流] [color=Blue]咨询：系统发育树菌株间相似度的问题[/color]

采用neighbour-joining 的方法将菌株建立系统发育树，树上菌株之间的距离和相似度的高低不一致，也就是距离较近的菌株之间反而没有距离远的菌株间的相似度高，不知道做这方面的大家是否碰到这样的问题？大家有谁能给我解答一下？谢谢
期待中……
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Thatislife,onlylifehurts.
1楼 2009-11-05 16:58:04
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pph0259

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-5 18:36
个人理解：距离远近代表进化的方向是否一致；相似性代表进化的分歧大小。
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2楼2009-11-05 17:51:16
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mhx102006

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也碰到过，个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp，B序列为1200bp，而A序列中的碱基均包含在B序列中，那么这两个序列之间的距离为0，而相似性则不是100%；当C序列的长度为1100bp，而C序列尽管跟B序列哪怕有1-2个碱基不同，也就是他们的距离非0，但是B与C的相似性要高于A与B的相似性。
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3楼2009-11-05 18:41:36
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wwling

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
同意楼上的
个人感觉 构建系统发育树的时候  各菌株序列要选好 最好长度要一致 才有可比性
我是先用clustal X 比对的，通常生成序列的时候要注意掐头去尾
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4楼2009-11-05 19:13:35
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mhx102006 at 2009-11-5 18:41:
我也碰到过，个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp，B序列为1200bp，而A序列中的碱基均包含在B序列中，那么这两个序列之间的距离为0，而相似性则不是100%；当C序列的长度为1100bp，而C ...

谢谢你的答复你表述的很清楚，我明白你意思，我再思考思考……

[ Last edited by zhaoyu2881 on 2009-11-9 at 23:21 ]
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Thatislife,onlylifehurts.
5楼2009-11-05 22:53:23
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wwling at 2009-11-5 19:13:
同意楼上的
个人感觉 构建系统发育树的时候  各菌株序列要选好 最好长度要一致 才有可比性
我是先用clustal X 比对的，通常生成序列的时候要注意掐头去尾

我也是先用clustal X 比对掐头去尾后建的树，可仍会出现这样类似的问题，不知道会不会与选择的树根root有关系？

[ Last edited by zhaoyu2881 on 2009-11-9 at 23:28 ]
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Thatislife,onlylifehurts.
6楼2009-11-05 22:56:03
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