应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » [color=Blue]咨询：系统发育树菌株间相似度的问题[/color]
61/1返回列表
查看: 732  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)

[交流] [color=Blue]咨询：系统发育树菌株间相似度的问题[/color]

采用neighbour-joining 的方法将菌株建立系统发育树，树上菌株之间的距离和相似度的高低不一致，也就是距离较近的菌株之间反而没有距离远的菌株间的相似度高，不知道做这方面的大家是否碰到这样的问题？大家有谁能给我解答一下？谢谢
期待中……
回复此楼

» 猜你喜欢
Thatislife,onlylifehurts.
1楼 2009-11-05 16:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pph0259

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-5 18:36
个人理解：距离远近代表进化的方向是否一致；相似性代表进化的分歧大小。
赞一下(7人) 回复此楼
2楼2009-11-05 17:51:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mhx102006

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也碰到过，个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp，B序列为1200bp，而A序列中的碱基均包含在B序列中，那么这两个序列之间的距离为0，而相似性则不是100%；当C序列的长度为1100bp，而C序列尽管跟B序列哪怕有1-2个碱基不同，也就是他们的距离非0，但是B与C的相似性要高于A与B的相似性。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2009-11-05 18:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wwling

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
同意楼上的
个人感觉 构建系统发育树的时候  各菌株序列要选好 最好长度要一致 才有可比性
我是先用clustal X 比对的，通常生成序列的时候要注意掐头去尾
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-11-05 19:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mhx102006 at 2009-11-5 18:41:
我也碰到过，个人认为是跟所比对的两个序列的长度相关。加如你的A序列为1000bp，B序列为1200bp，而A序列中的碱基均包含在B序列中，那么这两个序列之间的距离为0，而相似性则不是100%；当C序列的长度为1100bp，而C ...

谢谢你的答复你表述的很清楚，我明白你意思，我再思考思考……

[ Last edited by zhaoyu2881 on 2009-11-9 at 23:21 ]
赞一下 回复此楼
Thatislife,onlylifehurts.
5楼2009-11-05 22:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wwling at 2009-11-5 19:13:
同意楼上的
个人感觉 构建系统发育树的时候  各菌株序列要选好 最好长度要一致 才有可比性
我是先用clustal X 比对的，通常生成序列的时候要注意掐头去尾

我也是先用clustal X 比对掐头去尾后建的树，可仍会出现这样类似的问题，不知道会不会与选择的树根root有关系？

[ Last edited by zhaoyu2881 on 2009-11-9 at 23:28 ]
赞一下 回复此楼
Thatislife,onlylifehurts.
6楼2009-11-05 22:56:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhaoyu2881 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +12 drizzle_9 2026-04-12 13/650 2026-04-13 01:15 by 幸免 ..
[考研] 材料085601调剂 +27 何润采123 2026-04-10 29/1450 2026-04-12 22:31 by fqwang
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +7 Ytyt11 2026-04-09 8/400 2026-04-12 16:57 by ajpv风雷
[考研] 290求调剂 +13 luoziheng 2026-04-10 13/650 2026-04-11 23:15 by labixiaoqiao
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 生物学调剂 +8 小冉要努力 2026-04-10 9/450 2026-04-11 10:22 by wwj2530616
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 调剂申请086000一志愿西北农林科技大学生物与医药320分-本科齐鲁工业大学 +3 美美女士 2026-04-09 3/150 2026-04-10 10:31 by liuhuiying09
[考研] 08工学 309分求调剂 +6 Yin DY 2026-04-08 6/300 2026-04-10 09:18 by Delta2012
[考研] 初试分332，一志愿报考西北工业大学， +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH（等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 一志愿中科院105500专业总分315求调剂 +6 lallalh 2026-04-09 7/350 2026-04-09 17:51 by lallalh
[考研] 材料299专硕求调剂 +10 +21 2026-04-09 10/500 2026-04-09 17:34 by 1753564080
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 333求调剂 +6 合乘杨习夕 2026-04-06 6/300 2026-04-07 09:44 by 猪会飞
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭