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DNA打断，选择超声法还是酶切法？
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超声法 机械法片段化以非偏倚的方式控制片段大小，无GC偏好性。但在打断过程中，DNA溶液的物理散射常常导致DNA样本的丢失。因此，当投入的DNA量为皮克级时，不建议使用机械法进行打断。 对于dsDNA片段化，超声打断堪称一代宗师。打断的DNA片段更为集中且无偏好性，是目前NGS建库中片段化的金标准。 深圳达远辰光科技有限公司提供的聚焦超声样品处理系统，使用高频聚焦超声波将能量集中于DNA样品，整个过程温度可控，无样本接触，提供了快速、标准的DNA片段化结果。 酶法 酶切法打断是利用片段化酶对基因组DNA进行随机打断，会有GC偏好性（富含GC碱基的核酸片段区域比较不容易打断），在后续的测序分析会产生更多的错误信息。 缺点： 1 容易产生假阳性突变 根据研究表明，相对于机械打断法，酶法构建的文库中产生了更多的SNV（单核苷酸位点变异）/indels（插入缺失）。 2 不稳定的文库产出 通过酶切时间灵活控制片段大小在 150-600 bp 之间，以适配不同的应用场景。然而，在实际使用中，对于测序读长模式相对固定（PE150）的靶向捕获应用而言却是一种负担。尤其是当样本数量不固定时，精确控制“分钟级别”酶切时间，获得均一的文库产出并不容易实现。特别是对于FFPE样本，该类样本常伴随不同程度的降解，很难用统一的酶切条件处理。 3 GC偏好性 可能存在GC 含量轻度升高的情况（片段化酶更加容易酶切AT） 在实际操作中，可以根据样本的初始量、实验的特异性需求以及实验成本等因素来选择片段化方法。 超声法：全基因组测序、全外显子测序、甲基化测序、ChIP-seq 酶切法：全基因组测序、全外显子测序、宏基因组测序（mNGS） |
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