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转录组可编程实时测序新方法
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真核生物转录组由mRNA、非编码RNA及环形RNA等多种分子构成，其高度复杂性给精准检测带来挑战。传统靶向测序依赖预富集或探针捕获，存在操作繁琐、信息丢失等局限，难以满足多维度分析需求。2024年10月，中科院动物研究所赵方庆研究组在《自然・细胞生物学》发表论文，报道了全转录组可编程智能测序技术PROFIT-seq，通过集成实时计算与纳米孔测序技术，实现了目标分子的精准识别与全转录组无偏分析。 该技术通过复合逆转录策略与滚环扩增技术，能够同时捕获polyA与非polyA RNA以及环形 RNA。其创新之处在于开发了基于最大期望算法的智能定量模型，结合目标转录本的全长序列和其他非目标分子的短时测序标签，实现了精准的全转录组定量分析。相比传统方法，PROFIT-seq在保持全转录组信息完整性的同时，显著提升了目标分子的检测效率和测序通量。 研究团队首次尝试构建了人工智能驱动的自适应测序算法，可实时解析测序分子来源，并根据预设程序选择性延长目标序列的测序时间。该技术无需复杂预处理，仅需输入参考序列即可实现多类型转录本的同步检测。通过滚环扩增与多轮测序纠错，即cDNA的多轮通读与纳米孔测序错误校正，便可以实现单分子水平的高精度检测。 在应用验证中，PROFIT-seq 在临床样本检测中展现出显著优势：对痰液中肺炎病原体的检测通量提升3-5倍，关键突变鉴定时间缩短75%。在结直肠癌研究中，该技术成功揭示了肠道微生物与宿主免疫组库在息肉恶变过程中的动态互作规律。 该研究PROFIT-seq的开发为病原检测、疾病机制研究及个性化医疗提供了新型技术平台。 作为国内领先的微流控芯片解决方案供应商，中芯启恒专注于为生命科学、医疗诊断及工业检测领域提供全流程技术服务。中芯启恒提供从实验设计到数据分析的全流程支持，包括芯片定制化设计、样本处理优化以及数据可视化工具开发，确保科研人员能够高效开展实验。 基于微流体条码标记的空间多组学测序技术（DBiT-seq技术）研究的夹具和芯片 空间转录夹具ZXDBiT-seq01，该款夹具可以实现对空间转录芯片的装配固定和负压进样操作，夹具由金属和树脂材料加工而成，四周螺丝锁紧，使用简便，不易漏液。该款夹具适配图5所示的空间转录芯片，材质为PDMS，每组空间转录芯片包含2片芯片，从而实现垂直两个方向的标记物（50种）进样操作。组织编码完成后，进行孵育使用的夹具，孵育夹具可将带加样窗口的PDMS块压紧在组织表面。 参考文献： [1]Jinyang Zhang, Lingling Hou, Lianjun Ma, Zhengyi Cai, Shujun Ye, Yang Liu, Peifeng Ji, Zhenqiang Zuo,Fangqing Zhao(2024). Real-time and programmable transcriptome sequencing with PROFIT-seq. Nature Cell Biology, 26(10), 1-12. |
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