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huadong1985

木虫 (小有名气)

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[交流] 完结。感谢Xi2004老师！

各位高手，我用platon计算晶体结构中的氢键结果如下：
N    H0A    O 0.8600    1.9800 2.829(6)    169.00    6_545
C1    H1B    Cl  0.9700    2.8200 3.215(3)    105.00    .
C3    H3B    Cl  0.9700    2.8000 3.374(3)    119.00    .
C5    H5A    O 0.9800    2.5000 3.471(5)    173.00    6_555

结果onlinecheck时，N    H0A    O  和C5    H5A    O出现A类错误，请教，怎么改采能避免。另外，从晶胞堆积图上看，N    H0A    O  和C5    H5A    O氢键确实存在。
请各位指教，谢谢！

Alert level A
PLAT726_ALERT_2_A H...A Calc 14.30000, Rep    1.98000 Dev...    12.32 Ang.
            H1#  -O    1.555 6.545
PLAT726_ALERT_2_A H...A Calc    5.38000, Rep    2.50000 Dev...    2.88 Ang.
            H5A  -O    1.555 6.555
PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 13.669(4), Rep 2.829(6), Dev.. 2710.00 Sigma
            N -O    1.555 6.545
PLAT707_ALERT_1_A D...A Calc 5.658(3), Rep 3.471(5), Dev..    729.00 Sigma
            C5 -O    1.555 6.555
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc    42.00, Rep    169.00 Dev...    127.00 Deg.
            N -H1#  -O    1.555 1.555 6.545
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc    101.00, Rep    173.00 Dev...    72.00 Deg.
            C5 -H5A  -O    1.555 1.555 6.555

[ Last edited by huadong1985 on 2009-11-2 at 21:27 ]

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1楼 2009-11-02 09:20:52

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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-3 12:01

C5    H5A    O 0.9800    2.5000 3.471(5)    173.00    6_555
N    H0A    O 0.8600    1.9800 2.829(6)    169.00    6_545
算是氢键
C1    H1B    Cl  0.9700    2.8200 3.215(3)    105.00    .
C3    H3B    Cl  0.9700    2.8000 3.374(3)    119.00    .
角度小了.你把它当氢键会有问题.