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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 完结。感谢Xi2004老师！
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huadong1985

木虫 (小有名气)

[交流] 完结。感谢Xi2004老师！

各位高手，我用platon计算晶体结构中的氢键结果如下：
N       H0A     O   0.8600     1.9800   2.829(6)     169.00     6_545
C1      H1B     Cl  0.9700     2.8200   3.215(3)     105.00     .   
C3      H3B     Cl  0.9700     2.8000   3.374(3)     119.00     .   
C5      H5A     O   0.9800     2.5000   3.471(5)     173.00     6_555

结果onlinecheck时，N       H0A     O  和C5      H5A     O出现A类错误，请教，怎么改采能避免。另外，从晶胞堆积图上看，N       H0A     O  和C5      H5A     O氢键确实存在。
请各位指教，谢谢！



Alert level A
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc    14.30000, Rep     1.98000 Dev...      12.32 Ang.
              H1#  -O       1.555   6.545                                      
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc     5.38000, Rep     2.50000 Dev...       2.88 Ang.
              H5A  -O       1.555   6.555                                      
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   13.669(4), Rep    2.829(6), Dev..    2710.00 Sigma
              N    -O       1.555   6.545                                      
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc    5.658(3), Rep    3.471(5), Dev..     729.00 Sigma
              C5   -O       1.555   6.555                                      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc       42.00, Rep      169.00 Dev...     127.00 Deg.
              N    -H1#  -O       1.555   1.555   6.545                        
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc      101.00, Rep      173.00 Dev...      72.00 Deg.
              C5   -H5A  -O       1.555   1.555   6.555

[ Last edited by huadong1985 on 2009-11-2 at 21:27 ]
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1楼 2009-11-02 09:20:52
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可能是对称代码写错了 好好检查下 以xp中的为准
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2楼2009-11-02 09:30:30
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-3 12:01
C5      H5A     O   0.9800     2.5000   3.471(5)     173.00     6_555
N       H0A     O   0.8600     1.9800   2.829(6)     169.00     6_545
算是氢键
C1      H1B     Cl  0.9700     2.8200   3.215(3)     105.00     .   
C3      H3B     Cl  0.9700     2.8000   3.374(3)     119.00     .
角度小了.你把它当氢键会有问题.
赞一下(11人) 回复此楼
▄︻┻┳═一................................................
3楼2009-11-02 09:45:21
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huadong1985

木虫 (小有名气)
请问楼上，在xp中怎么找堆成操作码？
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4楼2009-11-02 09:47:46
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huadong1985

木虫 (小有名气)
C5      H5A     O   0.9800     2.5000   3.471(5)     173.00     6_555
N       H0A     O   0.8600     1.9800   2.829(6)     169.00     6_545
checkcif时显示上面两个氢键有问题，去掉了就没问题了。
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5楼2009-11-02 09:49:42
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 11-3 12:01
引用回帖:
Originally posted by huadong1985 at 2009-11-2 09:47:
请问楼上，在xp中怎么找堆成操作码？

envi
symm
看看对称代码~·
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6楼2009-11-02 09:52:54
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huadong1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2009-11-2 09:52:

envi
symm
看看对称代码~·

我是新手，很多东西不知道怎么操作，所以想请教
比如说 找N     --H0A    ..O   的堆成操作码 改怎么操作呢：
xp>>envi ???
xp>>symm ???
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7楼2009-11-02 10:01:20
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huofj2008

铁杆木虫 (职业作家)
把有问题的氢键删掉！
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霍方俊
8楼2009-11-02 11:00:10
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huadong1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by huofj2008 at 2009-11-2 11:00:
把有问题的氢键删掉！

删掉是可以  那堆积图中是否要把相应的氢键的虚线给删除呢？
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9楼2009-11-02 11:12:02
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huadong1985

木虫 (小有名气)
谢谢各位的帮助
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10楼2009-11-02 21:28:20
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