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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs模拟蛋白质的一部分
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs模拟蛋白质的一部分

我的蛋白质太大，但是我只想研究其中的一小部分。于是我就在sybyl里截取了想研究的那一块圆球体（某个原子周围半径20A的这部分）来做研究，但是这一块有一些部分是单个残基（截取的最小单位是残基，没有零散原子碎片），请问这个可以跑gromacs么？

如果不可以，另外一个省时间的可替换方案就是：freeze其余的蛋白质部分，但是如何定义那个没用部分的grp呢？
thanks in advance!

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:35 ]
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1楼 2009-11-01 17:11:57
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-30 22:11
如果你截取的部分残基都是完整的当然没问题，可是我估计不大可能是很完整的，这样你也许要修改你的.top或者是直接在.rtp里加东西。应该不是很麻烦
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
4楼2009-11-07 23:47:32
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-2 13:06
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢 11-2 13:50
我觉得选取的残基都是完整的话是没有问题的，因为GROMACS的pdb2gmx是以残基为基本单元进行匹配的。
当然如果你可以使用其他的方法得到你选取的部分的拓扑文件的话，怎样的选取都是没有问题的。。。
个人觉得把其余部分冻住不好，因为这样的话盒子还是很大。。。。。
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-11-02 12:10:34
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