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【求助】gromacs模拟蛋白质的一部分
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我的蛋白质太大，但是我只想研究其中的一小部分。于是我就在sybyl里截取了想研究的那一块圆球体（某个原子周围半径20A的这部分）来做研究，但是这一块有一些部分是单个残基（截取的最小单位是残基，没有零散原子碎片），请问这个可以跑gromacs么？ 如果不可以，另外一个省时间的可替换方案就是：freeze其余的蛋白质部分，但是如何定义那个没用部分的grp呢？ thanks in advance! [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:35 ] |
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