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[交流]
【求助】现次请教一个Gaussian问题。
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原来计算过一个Y(OMe)3的结构，后来终于在没有虚频的情况下成功了。现在我把优化好后的out文件存为mol文件，在Gaussian view中打开，在Y上连接了一个四氢呋喃的结构，想让其继续优化这个配位后的结构，再存为gjf文件，发现默认存了之后，里面的XYZ的坐标变成了内坐标的模式。 然后在面再增加一些基组，作计算，如下。 %Chk=Y(ome)3.chk %mem=100MB # opt b3lyp nosymm geom=connectivity gen pseudo=read scf=tight 0 1 0 1 Y O 1 B1 C 2 B2 1 A1 O 1 B3 2 A2 3 D1 C 4 B4 1 A3 2 D2 O 1 B5 4 A4 5 D3 C 6 B6 1 A5 4 D4 H 3 B7 2 A6 1 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H 3 B9 2 A8 1 D7 H 5 B10 4 A9 1 D8 H 5 B11 4 A10 1 D9 H 5 B12 4 A11 1 D10 H 7 B13 6 A12 1 D11 H 7 B14 6 A13 1 D12 H 7 B15 6 A14 1 D13 H 3 B16 2 A15 1 D14 C 2 B17 1 A16 6 D15 O 18 B18 2 A17 1 D16 C 18 B19 2 A18 1 D17 H 18 B20 2 A19 1 D18 C 19 B21 18 A20 2 D19 C 20 B22 18 A21 2 D20 H 20 B23 18 A22 2 D21 H 20 B24 18 A23 2 D22 H 22 B25 19 A24 18 D23 H 22 B26 19 A25 18 D24 H 23 B27 20 A26 18 D25 H 23 B28 20 A27 18 D26 B1 2.04862830 B2 1.39550624 B3 2.04703111 B4 1.39542332 B5 2.04655727 B6 1.39550761 B7 1.10123710 B8 1.10105833 B9 1.10111922 B10 1.10118827 B11 1.10104163 B12 1.10116622 B13 1.10119267 B14 1.10109455 B15 1.10103193 B16 1.15528968 B17 1.94531377 B18 1.43037077 B19 1.52496088 B20 1.12026956 B21 1.43037100 B22 1.52256009 B23 1.11756354 B24 1.11756381 B25 1.12026981 B26 1.12026981 B27 1.11756384 B28 1.11756447 A1 179.08991484 A2 120.20595276 A3 179.12207696 A4 119.37538672 A5 179.23828999 A6 111.45761466 A7 111.12810908 A8 111.26353390 A9 111.38736368 A10 111.08499450 A11 111.36238963 A12 111.43894671 A13 111.28141660 A14 111.10070898 A15 70.38455277 A16 107.95748851 A17 66.16021438 A18 151.72900708 A19 95.46206924 A20 110.54553412 A21 105.76432355 A22 110.70685337 A23 110.70679346 A24 106.81962945 A25 106.81962945 A26 111.04499277 A27 111.04501171 D1 124.58812124 D2 -75.94967620 D3 101.09731650 D4 -117.03836666 D5 42.01471664 D6 162.04999498 D7 -78.26192450 D8 48.50259511 D9 168.33865895 D10 -71.85119660 D11 -45.28098391 D12 75.03332857 D13 -165.26347867 D14 54.23258367 D15 30.72258617 D16 2.42178925 D17 -83.47310409 D18 108.41604566 D19 -150.03063807 D20 74.72812098 D21 -164.89969213 D22 -45.64409746 D23 121.41733199 D24 -121.41733199 D25 120.15118546 D26 -120.15119691 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 19 1.0 2 3 1.0 3 8 1.0 9 1.0 10 1.0 4 5 1.0 5 11 1.0 12 1.0 13 1.0 6 7 1.0 7 14 1.0 15 1.0 16 1.0 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 1.0 18 19 1.0 20 1.0 21 1.0 19 22 1.0 20 23 1.0 24 1.0 25 1.0 21 22 23 1.0 26 1.0 27 1.0 23 28 1.0 29 1.0 24 25 26 27 28 29 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 2 3 1.0 3 8 1.0 9 1.0 10 1.0 4 5 1.0 5 11 1.0 12 1.0 13 1.0 6 7 1.0 7 14 1.0 15 1.0 16 1.0 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 1.0 18 19 1.0 20 1.0 21 1.0 19 22 1.0 20 23 1.0 24 1.0 25 1.0 21 22 23 1.0 26 1.0 27 1.0 23 28 1.0 29 1.0 24 25 26 27 28 29 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 2 3 1.0 3 8 1.0 9 1.0 10 1.0 4 5 1.0 5 11 1.0 12 1.0 13 1.0 6 7 1.0 7 14 1.0 15 1.0 16 1.0 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 1.0 18 19 1.0 20 1.0 21 1.0 19 22 1.0 20 23 1.0 24 1.0 25 1.0 21 22 23 1.0 26 1.0 27 1.0 23 28 1.0 29 1.0 24 25 26 27 28 29 C H O 0 6-31g* **** Y 0 LANL2DZ **** Y 0 LANL2DZ 但是运行的时候就出错，提示： WANTED AN INTEGER AS INPUT. FOUND A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT. 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 说我输入坐标时要浮点数。我就有点奇怪，这不是Gaussian view存出来的，哪里有问题？因为对这个坐标不熟悉，只能再来求教大家了。网上google了下也没什么个所以然。所以想这个问题可以通过如下问题解决： 1>存为gjf时能直接存为直角坐标，这样我比较容易对付，这样在gaussian view里能办到么？ 2>手动修改上面的错误，但是我对于 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 这些东西的理解是，里面的1，2只是原子编号，与浮点数有什么关系？ 以上问题怎么解决？谢谢高手！！散15金币。 |
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