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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】现次请教一个Gaussian问题。
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】现次请教一个Gaussian问题。

原来计算过一个Y(OMe)3的结构，后来终于在没有虚频的情况下成功了。现在我把优化好后的out文件存为mol文件，在Gaussian view中打开，在Y上连接了一个四氢呋喃的结构，想让其继续优化这个配位后的结构，再存为gjf文件，发现默认存了之后，里面的XYZ的坐标变成了内坐标的模式。
然后在面再增加一些基组，作计算，如下。
%Chk=Y(ome)3.chk
%mem=100MB
# opt b3lyp nosymm geom=connectivity gen pseudo=read scf=tight

0   1

0 1
Y
O                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
O                  1              B3    2              A2    3              D1
C                  4              B4    1              A3    2              D2
O                  1              B5    4              A4    5              D3
C                  6              B6    1              A5    4              D4
H                  3              B7    2              A6    1              D5
H                  3              B8    2              A7    1              D6
H                  3              B9    2              A8    1              D7
H                  5             B10    4              A9    1              D8
H                  5             B11    4             A10    1              D9
H                  5             B12    4             A11    1             D10
H                  7             B13    6             A12    1             D11
H                  7             B14    6             A13    1             D12
H                  7             B15    6             A14    1             D13
H                  3             B16    2             A15    1             D14
C                  2             B17    1             A16    6             D15
O                 18             B18    2             A17    1             D16
C                 18             B19    2             A18    1             D17
H                 18             B20    2             A19    1             D18
C                 19             B21   18             A20    2             D19
C                 20             B22   18             A21    2             D20
H                 20             B23   18             A22    2             D21
H                 20             B24   18             A23    2             D22
H                 22             B25   19             A24   18             D23
H                 22             B26   19             A25   18             D24
H                 23             B27   20             A26   18             D25
H                 23             B28   20             A27   18             D26

   B1             2.04862830
   B2             1.39550624
   B3             2.04703111
   B4             1.39542332
   B5             2.04655727
   B6             1.39550761
   B7             1.10123710
   B8             1.10105833
   B9             1.10111922
   B10            1.10118827
   B11            1.10104163
   B12            1.10116622
   B13            1.10119267
   B14            1.10109455
   B15            1.10103193
   B16            1.15528968
   B17            1.94531377
   B18            1.43037077
   B19            1.52496088
   B20            1.12026956
   B21            1.43037100
   B22            1.52256009
   B23            1.11756354
   B24            1.11756381
   B25            1.12026981
   B26            1.12026981
   B27            1.11756384
   B28            1.11756447
   A1           179.08991484
   A2           120.20595276
   A3           179.12207696
   A4           119.37538672
   A5           179.23828999
   A6           111.45761466
   A7           111.12810908
   A8           111.26353390
   A9           111.38736368
   A10          111.08499450
   A11          111.36238963
   A12          111.43894671
   A13          111.28141660
   A14          111.10070898
   A15           70.38455277
   A16          107.95748851
   A17           66.16021438
   A18          151.72900708
   A19           95.46206924
   A20          110.54553412
   A21          105.76432355
   A22          110.70685337
   A23          110.70679346
   A24          106.81962945
   A25          106.81962945
   A26          111.04499277
   A27          111.04501171
   D1           124.58812124
   D2           -75.94967620
   D3           101.09731650
   D4          -117.03836666
   D5            42.01471664
   D6           162.04999498
   D7           -78.26192450
   D8            48.50259511
   D9           168.33865895
   D10          -71.85119660
   D11          -45.28098391
   D12           75.03332857
   D13         -165.26347867
   D14           54.23258367
   D15           30.72258617
   D16            2.42178925
   D17          -83.47310409
   D18          108.41604566
   D19         -150.03063807
   D20           74.72812098
   D21         -164.89969213
   D22          -45.64409746
   D23          121.41733199
   D24         -121.41733199
   D25          120.15118546
   D26         -120.15119691

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 19 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

C   H   O  0
6-31g*
****
Y 0
LANL2DZ
****

Y 0
LANL2DZ




但是运行的时候就出错，提示： WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
  1 2 1.0 4 1.0 6 1.0            

说我输入坐标时要浮点数。我就有点奇怪，这不是Gaussian view存出来的，哪里有问题？因为对这个坐标不熟悉，只能再来求教大家了。网上google了下也没什么个所以然。所以想这个问题可以通过如下问题解决：
1>存为gjf时能直接存为直角坐标，这样我比较容易对付，这样在gaussian view里能办到么？

2>手动修改上面的错误，但是我对于  1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 这些东西的理解是，里面的1，2只是原子编号，与浮点数有什么关系？

以上问题怎么解决？谢谢高手！！散15金币。
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1楼2009-10-31 21:53:25
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢楼上两位高手的回复。我原来的那个结构已经优化到4个YES了，而且频率的问题也解决了（都为正）。我的目的就是想将这个加入的四氢呋喃再进一步看单配位的结构的稳定性，因此，在画好之后，在GV中画了一个四氢呋喃，设定了O与Y之间的键长为一个成键的长度，没有关注这些键角之类的，我想应该程序会完成这个优化过程吧？
PS:单打独斗学Gaussian真不容易，好多问题只能靠虫友们啦！
赞一下 回复此楼
6楼2009-11-01 09:43:16
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
汗。楼上回复的是什么内容？
赞一下 回复此楼
3楼2009-11-01 09:03:20
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zxyan

至尊木虫 (文坛精英)
★
gonemrc(金币+5):谢谢参与
在gaussview中构建分子结束后需要先优化看结构是否合理。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-11-01 09:11:17
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
gonemrc(金币+5):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-1 16:32
先说你的问题,下面这段内容只能出现一次, 且要跟在二面角空一行之后
1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 19 1.0
2 3 1.0
...
28
29

存为gjf时能直接存为直角坐标，这样我比较容易对付，这样在gaussian view里能办到么？
保存成mol2 文件即可,里面有直角坐标


二楼可能是帮顶之类的话
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-11-01 09:29:20
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