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gonemrc

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[交流] 【求助】现次请教一个Gaussian问题。

原来计算过一个Y(OMe)3的结构，后来终于在没有虚频的情况下成功了。现在我把优化好后的out文件存为mol文件，在Gaussian view中打开，在Y上连接了一个四氢呋喃的结构，想让其继续优化这个配位后的结构，再存为gjf文件，发现默认存了之后，里面的XYZ的坐标变成了内坐标的模式。
然后在面再增加一些基组，作计算，如下。
%Chk=Y(ome)3.chk
%mem=100MB
# opt b3lyp nosymm geom=connectivity gen pseudo=read scf=tight

0 1

0 1
Y
O                1             B1
C                2             B2 1             A1
O                1             B3 2             A2 3             D1
C                4             B4 1             A3 2             D2
O                1             B5 4             A4 5             D3
C                6             B6 1             A5 4             D4
H                3             B7 2             A6 1             D5
H                3             B8 2             A7 1             D6
H                3             B9 2             A8 1             D7
H                5          B10 4             A9 1             D8
H                5          B11 4          A10 1             D9
H                5          B12 4          A11 1          D10
H                7          B13 6          A12 1          D11
H                7          B14 6          A13 1          D12
H                7          B15 6          A14 1          D13
H                3          B16 2          A15 1          D14
C                2          B17 1          A16 6          D15
O                18          B18 2          A17 1          D16
C                18          B19 2          A18 1          D17
H                18          B20 2          A19 1          D18
C                19          B21 18          A20 2          D19
C                20          B22 18          A21 2          D20
H                20          B23 18          A22 2          D21
H                20          B24 18          A23 2          D22
H                22          B25 19          A24 18          D23
H                22          B26 19          A25 18          D24
H                23          B27 20          A26 18          D25
H                23          B28 20          A27 18          D26

B1          2.04862830
B2          1.39550624
B3          2.04703111
B4          1.39542332
B5          2.04655727
B6          1.39550761
B7          1.10123710
B8          1.10105833
B9          1.10111922
B10          1.10118827
B11          1.10104163
B12          1.10116622
B13          1.10119267
B14          1.10109455
B15          1.10103193
B16          1.15528968
B17          1.94531377
B18          1.43037077
B19          1.52496088
B20          1.12026956
B21          1.43037100
B22          1.52256009
B23          1.11756354
B24          1.11756381
B25          1.12026981
B26          1.12026981
B27          1.11756384
B28          1.11756447
A1          179.08991484
A2          120.20595276
A3          179.12207696
A4          119.37538672
A5          179.23828999
A6          111.45761466
A7          111.12810908
A8          111.26353390
A9          111.38736368
A10       111.08499450
A11       111.36238963
A12       111.43894671
A13       111.28141660
A14       111.10070898
A15          70.38455277
A16       107.95748851
A17          66.16021438
A18       151.72900708
A19          95.46206924
A20       110.54553412
A21       105.76432355
A22       110.70685337
A23       110.70679346
A24       106.81962945
A25       106.81962945
A26       111.04499277
A27       111.04501171
D1          124.58812124
D2          -75.94967620
D3          101.09731650
D4       -117.03836666
D5          42.01471664
D6          162.04999498
D7          -78.26192450
D8          48.50259511
D9          168.33865895
D10       -71.85119660
D11       -45.28098391
D12          75.03332857
D13       -165.26347867
D14          54.23258367
D15          30.72258617
D16          2.42178925
D17       -83.47310409
D18       108.41604566
D19       -150.03063807
D20          74.72812098
D21       -164.89969213
D22       -45.64409746
D23       121.41733199
D24       -121.41733199
D25       120.15118546
D26       -120.15119691

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 19 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0
2 3 1.0
3 8 1.0 9 1.0 10 1.0
4 5 1.0
5 11 1.0 12 1.0 13 1.0
6 7 1.0
7 14 1.0 15 1.0 16 1.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18 19 1.0 20 1.0 21 1.0
19 22 1.0
20 23 1.0 24 1.0 25 1.0
21
22 23 1.0 26 1.0 27 1.0
23 28 1.0 29 1.0
24
25
26
27
28
29

C H O  0
6-31g*
****
Y 0
LANL2DZ
****

Y 0
LANL2DZ

但是运行的时候就出错，提示： WANTED AN INTEGER AS INPUT.
  FOUND A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
  1 2 1.0 4 1.0 6 1.0

说我输入坐标时要浮点数。我就有点奇怪，这不是Gaussian view存出来的，哪里有问题？因为对这个坐标不熟悉，只能再来求教大家了。网上google了下也没什么个所以然。所以想这个问题可以通过如下问题解决：
1>存为gjf时能直接存为直角坐标，这样我比较容易对付，这样在gaussian view里能办到么？

2>手动修改上面的错误，但是我对于  1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 这些东西的理解是，里面的1，2只是原子编号，与浮点数有什么关系？

以上问题怎么解决？谢谢高手！！散15金币。

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1楼2009-10-31 21:53:25

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bay__gulf

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刘苏州

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专业: 理论和计算化学
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★ ★ ★
gonemrc(金币+5):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-1 16:32

先说你的问题,下面这段内容只能出现一次, 且要跟在二面角空一行之后
1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 19 1.0
2 3 1.0
...
28
29

存为gjf时能直接存为直角坐标，这样我比较容易对付，这样在gaussian view里能办到么？
保存成mol2 文件即可,里面有直角坐标

二楼可能是帮顶之类的话

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5楼2009-11-01 09:29:20

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