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爱吃旺旺碎冰冰

新虫 (小有名气)

[求助] 目的基因片段总是装载不上pMD18-T载体上,求助!!! 已有1人参与

一、用高保真酶、设计的引物对细菌DNA进行PCR扩增(50μL体系共三管),电泳后发现条带单一且无杂带
二、PCR产物纯化
三、将胶回收的DNA片段加A尾:
1.胶回收提取液与Taq酶预混物1:1混合,各为25μL(共50μL)
2.72℃退火30min
3.PCR产物纯化【纯化过程中的第二步:2.估计PCR反应液或酶切反应液的体积,向其中加入等倍体积溶液PC(此步加入30μLPC,实际上上一步PCR反应液为50μL,但误以为是30μL,所以加了30μL溶液PC与50μLPCR反应液混合均匀后就加入吸附柱中了,加完后发现加错了,又向吸附住中补加了20uL)】
四、将pMD18-T载体与已纯化的目的片段相连接:
1.1μLpMD18-T载体、5μL连接缓冲液SolutionⅠ、4μL已纯化的PCR产物加入到一个新的PCR管中混匀
2.将其放入金属浴连接槽中16℃恒温过夜,本次连接时间共计17h左右
3.将样品取出冰箱4℃保存。
五、将质粒转入感受态细胞(CaCl2转化法):
1.从-80℃冰箱中取出一管制备好的感受态细胞Top10(100μL),立即置于冰水混合物上,将10μL制备好的质粒加入感受态细胞中,轻轻吹打混匀,将混合物置于冰水混合物中静置30min
2.将其放在42℃水浴锅中热激90s
3.将其取出再置于冰水混合物中5min,然后加入1mL新鲜LB液体培养基中,37℃,200rpm,培养1h。
六、涂平板及培养:
1.制备两个氨苄抗性平板:向60mLLB固体培养基(不烫手即可)中按照1:1000的比例加入60μL氨苄抗性(原液浓度100mg/mL),轻晃混匀,倒两个平板,静止凝固
2.先吸取100μL菌液均匀涂布在氨苄抗性平板上,剩余900μL菌液11000rpm离心1min,弃去800μL上清液,剩余100μL菌液重悬,均匀涂布在另一个氨苄抗性平板上;37℃过夜培养,本次共计培养20h左右
七、挑菌落及培养:挑取平板上的单菌落(共七个)分别接种到新鲜LB液体培养基中,37℃,200rpm,过夜培养,由于操作失误,导致前20h无振荡培养,发现菌液浑浊度较低,又200rpm振荡培养了4哈,共计24h
八、菌液PCR:用Taq酶、设计的引物、菌液分别作模版进行PCR九、电泳:结果七种阳性菌液都显示有目的条带
九、任意选取一瓶菌液吸取1.5mL提取质粒:质粒小提试剂盒
十、双酶切验证目的基因片段是否成功装载上pMD18-T载体上:
1.(20uL体系)质粒10u、10xbuffer2u、Pst1 0.5u、Sac1 0.5u、ddH2O7u混合;38摄氏度恒温培养箱温育1h10min;
2.电泳:结果显示无条带
这是我用这种方法(试剂的用量、步骤都一样)将目的片段装载到T载体的第三次实验了,前两次用的引物不是设计的引物,而是从文献中筛选到的引物,目的是想通过装载T载体上,测序出目的片段两端的未知序列,但通过测序结果都显示空载,都没有成功装载了,后面通过全基因比对出了目的片段的两端序列,即从全基因中找出了目的基因的完整序列,之后又通过软件重新设计引物(可以扩增出完整目的片段),然后就做了上述步骤,只不过没有测序,而是通过双酶切检验是否成功装载到T载体上,还是没有装载上。
拜托大佬请教一下几个问题:
1.做了这三次实验最后菌液PCR电泳后都显示有目的条带,前两次有一次还做了质粒PCR电泳后也显示有条带啊,但是就是进一步验证测序显示空载,包括这次双酶切电电泳后显示无条带,我想知道这是哪里出问题了?电泳验证都显示有条带,但最后进一步验证还是空载,那电泳显示有条带是咋回事?难道电泳这么不靠谱吗?难道以后我都要再测序或者双酶切进一步验证吗?
2.哪些具体步骤可能导致我一直装载不上T载体?
3.我该如何优化实验让目的片段成功装载到T载体上呢?
4.以上步骤所有用到的酶,我都是从冰箱里拿出来,也没有放在冰上加,直接放在离心管架上加的,这会对最终实验结果有影响吗?
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爱吃旺旺碎冰冰

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by strongFv at 2024-12-10 16:41:53
1.菌P可能会存在假阳性,可以用专门去了背景的专用酶进行鉴定,比如擎科的菌P专家(TSE005)
4.PMD系列载体是要在冰上加最好,擎科的T载是要常温加的,各家要求不太一样,多多少少会有影响。不确定哪里出问题的话, ...

好的,等我查查说明书,我再试试,我总觉得是加样体系体积那方面的问题

发自小木虫IOS客户端
8楼2024-12-11 14:46:20
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Andy_124

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

2楼2024-12-06 16:34:21
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Andy_124

禁虫 (著名写手)

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3楼2024-12-06 16:36:09
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chen5805

至尊木虫 (职业作家)

资深木虫

1.一般情况下目的基因连接T载体很容易成功的;2.做菌液PCR,用扩增目的基因的引物扩增完,产物电泳检测,挑选阳性菌液送sanger测序,一般没问题;3.你的菌液PCR是假阳性,有可能是你没连接上T载体,也有可能是你重组质粒转化感受态细胞有问题;

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2024-12-06 18:18:44
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