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准博士

金虫 (正式写手)

[交流] 简并引物设计失败,找原因中

上周根据同属菌种的同一酶基因的保守序列,设计了简并引物,正向反向均为6个氨基酸,文献中也是这么设计就克隆了目的片段,而我用同样的方法,克隆的目的片段却不行,理论上应当是670bp左右,而我只克隆出来524bp,在NCBI中blast,跟另一个酶相似性挺高,却不是我的那个酶。其实当时PCR出来的结果,我就觉得有些不对劲。
    唉,这简并引物到底怎么弄啊?真的这么难吗?有谁可以帮帮我啊?
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

★ ★
准博士(金币+2,VIP+0):xiexie 11-2 10:54
可能是因为参考的序列不够多,引物相关性不好。
Thank-you,so-blue.
2楼2009-10-29 10:58:00
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陈思容

铜虫 (正式写手)

★ ★
准博士(金币+2,VIP+0):xiexie 11-2 10:54
是不是模板的问题?
3楼2009-10-29 14:23:15
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laojiu9878

至尊木虫 (文坛精英)

九牛

★ ★
准博士(金币+2,VIP+0):xiexie 11-2 10:55
首先查找多个菌种的同一酶基因的保守序列,然后设计了简并引物
但愿人长久
4楼2009-11-02 08:57:55
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c3024034

银虫 (正式写手)

帮楼主顶起 一起学习
5楼2009-11-02 11:28:04
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qqsvery

木虫 (著名写手)


生命核心(金币+1,VIP+0):好建议 12-5 10:38
应该找找多种菌种的同一段序列比对一下,在进行设计!
谎言和真实在河边洗澡,谎言先洗好,穿走了真实的衣服,真实却不肯穿谎言的衣服。后来人们眼里只有穿着真实衣服的谎言,却很难接受赤裸裸的真实。
6楼2009-11-02 11:31:32
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xinying7006

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
支持支持,我也需要这方面的经验学习下
7楼2009-12-04 21:27:57
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
生命核心(金币+1,VIP+0):好建议 12-5 10:38
设计引物从AA到NT,扩不到想要的片段,额也遇到过
要是直接从nt出发设计呢?寻找更多的序列,分析比对,设计引物~
这样我没做过,以后可能会涉及到
小木虫之有关部门负责人
8楼2009-12-05 01:28:21
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