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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于同源模建
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syfnet

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】关于同源模建

请问一下蛋白质同源模建的软件都有哪些免费的？

我用swiss-model网站来构建同源蛋白质结构，这个准确吗？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:58 ]
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1楼 2009-10-25 16:41:53
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子陵263

木虫 (正式写手)
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 10-27 17:29
autodock 免费 可以用这个
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2楼2009-10-27 17:07:41
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syfnet

新虫 (初入文坛)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-30 08:56
引用回帖:
Originally posted by 子陵263 at 2009-10-27 17:07:
autodock 免费 可以用这个

autodock我正在用，没有同源模建的功能吧。
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3楼2009-10-28 09:44:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-30 08:56
你可以先用BLAST查询他的同源蛋白的相似性有多少，越高越准。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-10-30 07:09:42
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ttklwp

金虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-2 16:10
sybyl可以啊，只要序列相似性和同源性都高，构建的蛋白就很可信
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5楼2009-10-30 15:16:05
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syfnet

新虫 (初入文坛)
我用的蛋白相似性很高>80％，但我想基于两个结构建模，这样的话好像moe不行吧。在ds下可以实现吗？

另外，说明书上都是基于互联网搜索相似结构，而我自己手头有蛋白结构，不用搜索，怎么输入到ds进行建模

[ Last edited by syfnet on 2009-11-2 at 16:04 ]
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6楼2009-11-02 15:49:49
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winterose_

铜虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-3 20:30
用modeller吧,功能很强大,很容易申请,可以用五年.
http://www.salilab.org/modeller/
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7楼2009-11-03 18:10:48
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syfnet

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by winterose_ at 2009-11-3 18:10:
用modeller吧,功能很强大,很容易申请,可以用五年.
http://www.salilab.org/modeller/

已经申请5天了，还没见回复。这个与ds里的modeller与这个是一样的吧？
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8楼2009-11-04 17:18:31
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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再发申请试试，比DS中的强多了，关键不用花银子。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2009-11-04 17:59:02
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winterose_

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by syfnet at 2009-11-4 17:18:

已经申请5天了，还没见回复。这个与ds里的modeller与这个是一样的吧？

我申请三天就给了序列号啊,你要注意让它相信你是个学术单位.
DS的我没用过,不知道呢.
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10楼2009-11-06 12:14:38
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