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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS进行蛋白（受体）淀粉(配体)分子对接
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备安网公

新虫 (初入文坛)
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DS进行蛋白（受体）淀粉(配体)分子对接
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1.DS可以进行蛋白和淀粉的分子对接吗？
应该选择DS中何种对接方式？
2.为什么small molecules-prepare ligands-run ，显示找不到配体文件，（一开始就错了吗？淀粉（pdb文件,55个葡萄糖残基形成的单螺旋结构）是大分子不应该以上途径准备配体？）
3.用别的软件进行分子对接后用DS分析，view interaction -ligand interaction，为什么除了淀粉和蛋白间的作用力，淀粉自身每圈单螺旋之间的作用力也显示出来了，如果隐藏ligand non-bond monitor则所有的作用力都隐藏了，怎么只显示淀粉和蛋白之间的作用力
4.不会，是真不会，头疼 ，有过相关经验老师能不能热心解答一下？感谢！

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1楼 2024-06-27 15:00:30
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sweet15

新虫 (初入文坛)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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1楼: Originally posted by 备安网公 at 2024-06-27 15:00:30
1.DS可以进行蛋白和淀粉的分子对接吗？
应该选择DS中何种对接方式？
2.为什么small molecules-prepare ligands-run ，显示找不到配体文件，（一开始就错了吗？淀粉（pdb文件,55个葡萄糖残基形成的单螺旋结构）是大分 ...

薛定谔软件中，进行对接，利用可视化分析，2D模拟，可以清楚分析氢键作用力，氨基酸残基等作用

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16楼2024-07-18 22:09:55
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全力以赴20162楼
2024-06-27 15:05   回复  
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Physics-AQ3楼
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nono20094楼
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tzynew5楼
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XG-WUST6楼
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hyjcs7楼
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lilittle12楼
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visual838713楼
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caopinqiang14楼
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REAIIY_202515楼
2024-06-29 10:13   回复  
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