DS进行蛋白（受体）淀粉(配体)分子对接 - 分子模拟 - DS/Sybyl/Autodock

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1.DS可以进行蛋白和淀粉的分子对接吗？
应该选择DS中何种对接方式？
2.为什么small molecules-prepare ligands-run ，显示找不到配体文件，（一开始就错了吗？淀粉（pdb文件,55个葡萄糖残基形成的单螺旋结构）是大分子不应该以上途径准备配体？）
3.用别的软件进行分子对接后用DS分析，view interaction -ligand interaction，为什么除了淀粉和蛋白间的作用力，淀粉自身每圈单螺旋之间的作用力也显示出来了，如果隐藏ligand non-bond monitor则所有的作用力都隐藏了，怎么只显示淀粉和蛋白之间的作用力
4.不会，是真不会，头疼，有过相关经验老师能不能热心解答一下？感谢！

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1楼2024-06-27 15:00:30

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sweet15

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

1楼: Originally posted by 备安网公 at 2024-06-27 15:00:30
1.DS可以进行蛋白和淀粉的分子对接吗？
应该选择DS中何种对接方式？
2.为什么small molecules-prepare ligands-run ，显示找不到配体文件，（一开始就错了吗？淀粉（pdb文件,55个葡萄糖残基形成的单螺旋结构）是大分 ...

薛定谔软件中，进行对接，利用可视化分析，2D模拟，可以清楚分析氢键作用力，氨基酸残基等作用

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