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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » NBO/AIM » 【分享】加入了NBO5.G的Gaussian03模块
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beefly

专家顾问 (职业作家)

[资源] 【分享】加入了NBO5.G的Gaussian03模块

从国外某大学的计算服务器上找到的，已通过测试。原始程序是基于Gaussian 03 D.01源代码编译的，运行于AMD64 CentOS 5系统。

其他发布版的G03也可以正常使用。其他发布版的linux估计也没问题。除了AMD64 CPU外，Intel的EM64T（x86-64）或许也行，但我没试过。

使用方法：用解压缩后的l607.exe文件替换gaussian03原来的文件（之前最好做个备份，万一想用NBO 3.1版还可以改回来）。接下来，NBO 5.G的用法同Gaussian自带的NBO 3.1。5.G新增加的选项可以到NBO主页去找。

网上有人报告说，NBO 5.G和3.1的结果完全不一样，不过目前我还没遇到。或许是自己编译的程序有错误吧。大家也可以测试一下新旧NBO的结果有什么区别。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 16:23 ]
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1楼 2009-10-23 13:28:29
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beefly

专家顾问 (职业作家)
part 2
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2楼2009-10-23 13:29:06
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

对G03W有用吗？
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4楼2009-10-23 14:58:49
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greatqi

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢了，先下来测试下。
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5楼2009-10-23 15:17:33
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zlding

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

为什么要压缩那么多次~~~
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6楼2009-10-23 15:54:27
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swyswy

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东东,谢谢分享
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7楼2009-10-23 18:10:33
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢beerfly每次都带来优秀的资源。
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10楼2009-10-24 08:19:38
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czyzsu

专家顾问 (文坛精英)

★★★ 三星级,支持鼓励

虽然用不着，感谢楼主的分享！
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11楼2009-10-24 09:33:51
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chshengyao

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

D02 for EM64T SUSE平台不行。
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12楼2009-10-25 23:00:46
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beefly

专家顾问 (职业作家)
我用G03 E01 for EM64T在CentOS 5系统下运行没问题，CPU是AMD Opteron 64。
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14楼2009-10-27 11:28:21
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tephoon78

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

十分感谢啊！
我用G03 E01 for EM64T在Fedora系统下无法使用，CPU是intel core 2 6320。
可能与cpu有一定的关系。

[ Last edited by tephoon78 on 2010-1-17 at 15:34 ]
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15楼2010-01-14 16:15:59
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wtscrystal

银虫 (小有名气)

★ 一星级,一般

至少这个不能用于g03E01(我自己编译的RHEL 5.4 emt 64), G09A01 emt64. g0364, intel emt64上 测试过了！ 最好有同志哥讲讲如何在g03中直接编译NBO 5.0G, 这就没那么多事了！

[ Last edited by wtscrystal on 2010-4-10 at 21:17 ]
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16楼2010-04-10 20:55:20
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jasondu

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

thanks
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18楼2010-04-10 21:53:52
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wtscrystal

银虫 (小有名气)
.................................略
******************************************
Gaussian 03:  AM64L-G03RevC.02 12-Jun-2004
                 3-Apr-2010
******************************************
%chk=nbo.chk
-----------------------------------------
#p opt hf/3-21g pop=npa geom=connectivity
-----------------------------------------
1/18=20,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=5,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,40=-1/1,7;
7//1,2,3,16;
1/18=20/3(1);
99//99;
2/9=110/2;
3/5=5,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/18=20/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1,40=-1/1,7;
99/9=1/99;
Leave Link    1 at Sat Apr  3 18:45:11 2010, MaxMem=          0 cpu:       0.1
(Enter /opt/g03/l101.exe)
N-N= 1.766220028943D+02 E-N=-8.903652016048D+02  KE= 2.292897382171D+02
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Sat Apr  3 18:45:30 2010, MaxMem=    6291456 cpu:       0.1
(Enter /opt/g03/l607.exe)

*********************************** NBO 5.G ***********************************
             N A T U R A L   A T O M I C   O R B I T A L   A N D           
             N A T U R A L   B O N D   O R B I T A L   A N A L Y S I S

*******************************************************************************
   (c) Copyright 1996-2008 Board of Regents of the University of Wisconsin System
       on behalf of the Theoretical Chemistry Institute.  All Rights Reserved.
           Cite this program as:
           NBO 5.G.  E. D. Glendening, J. K. Badenhoop, A. E. Reed,
           J. E. Carpenter, J. A. Bohmann, C. M. Morales, and F. Weinhold
           (Theoretical Chemistry Institute, University of Wisconsin,
          Madison, WI, 2004); http://www.chem.wisc.edu/~nbo5
        /SKIPBO / : Skip NBO transformation step


Analyzing the SCF density

Job title: Title Card Required                                             

Storage needed:       18903 in NPA (     6291456 available)


NATURAL POPULATIONS:  Natural atomic orbital occupancies

1\1\GINC-IBBNODE1\FOpt\RHF\3-21G\C4H8O1\CATALYST\03-Apr-2010\0\\#P OPT
  HF/3-21G POP=NPA GEOM=CONNECTIVITY\\Title Card Required\\0,1\C,0.1997
055124,-1.9903423596,0.0848430549\H,0.0581896518,-2.0293559813,1.15692
98344\H,1.2645192507,-1.9620968528,-0.1056020982\H,-0.2091938275,-2.89
24457115,-0.3538971363\C,-0.4817655227,-0.7475130018,-0.5001226868\H,-
0.3500733821,-0.7081345283,-1.5780897596\H,-1.5529080557,-0.7751967263
,-0.3189418221\C,0.0669671758,0.5372968544,0.0925997812\C,-0.554890790
2,1.815247446,-0.433676707\H,-1.6225892391,1.8191209078,-0.2404176578\
H,-0.0976718698,2.6667733927,0.0489514086\H,-0.4116726324,1.8867373707
,-1.506866267\O,0.9426627315,0.5383080619,0.9295091055\\Version=AM64L-
G03RevC.02\State=1-A\HF=-229.7093496\RMSD=5.439e-09\RMSF=5.392e-06\Dip
ole=-0.8544522,-0.0053281,-0.8168266\PG=C01 [X(C4H8O1)]\\@


EDUCATION DOESN'T COST
           ... IT PAYS!

-- POSTMARK, UNIV. OF MISSISSIPPI, DEC 78
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 18.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     17 Int=      0 D2E=      0 Chk=     10 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 03 at Sat Apr  3 18:45:30 2010.


这才是正解的NBO 5.G for INTEL series! including emt64 xeon

[ Last edited by wtscrystal on 2010-4-11 at 11:03 ]
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19楼2010-04-11 10:59:55
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wcz2008

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢。G03，B.04 不能用
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21楼2010-04-20 10:56:30
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superfan

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，试试！
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22楼2010-04-20 12:38:33
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xiuhui

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

怎么能得到G03，B.04 的呢
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23楼2010-04-20 14:17:05
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vividelife

银虫 (小有名气)
“使用方法：用解压缩后的l607.exe文件替换gaussian03原来的文件（之前最好做个备份，万一想用NBO 3.1版还可以改回来）”，这里的“之前最好做个备份”可不可以这样做，就是先把gaussian中原来的文件l607.exe复制保存到另外一个地方，再用你的NBO5.G模块替换gaussian中的l607.exe文件，再试着运行一下gaussian程序，如果正常运行，则表明你的模块适用，如果不能，则把原来gaussian中复制备份的l607.exe再重新复制放在Gaussian中，是这样吗！
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24楼2010-06-29 21:57:28
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beefly

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by vividelife at 2010-06-29 21:57:28:
“使用方法：用解压缩后的l607.exe文件替换gaussian03原来的文件（之前最好做个备份，万一想用NBO 3.1版还可以改回来）”，这里的“之前最好做个备份”可不可以这样做，就是先把gaussian中原来的文件l607.exe复制 ...

没错。

也可以为nbo5.0另建个目录，默认调用原来的nbo3.0。需要5.0的时候，在输入文件指定l607.exe的位置。例如：

%subst l607 路径
# hf/3-21g pop=nboread

......
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25楼2010-06-29 22:40:37
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vividelife

银虫 (小有名气)
我的时候出现：“Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.”
提示时，程序自动退出了。

输入文件定义部分是：
%chk=xx.chk
%mem=7GB
%nprocshared=8
%subst l607 /lustre/users/ceszhcy/lzf/11607
# b3lyp/sto-3g pop=nboread

这是怎么回事呢！

谢谢！
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27楼2010-10-16 12:32:18
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beefly

专家顾问 (职业作家)
在gaussian03的可执行程序目录下运行：

chmod 700 *
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28楼2010-10-16 22:28:04
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FAthos

木虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢，回去试试看好不好用。
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29楼2011-04-04 15:10:43
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willcy722

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
30楼2011-04-06 16:08:37
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djl2008d

木虫 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

呵呵，谢谢啦，请问有没有可以在windows下使用的版本呀
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31楼2011-04-07 21:23:31
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willcy722

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
32楼2011-04-08 15:32:30
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cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by willcy722 at 2011-04-08 15:32:30:
替换计算后出现了什么参数不对的错误  而中断了计算



人家说是linux下的，win下自然有问题了....
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33楼2011-05-11 15:23:01
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boylc789

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-11 15:23:01:
人家说是linux下的，win下自然有问题了....

有g09下的吗，nbo经常报错
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34楼2011-05-30 19:18:38
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sealanlan

铁虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
30楼: Originally posted by willcy722 at 2011-04-06 16:08:37:
怎么解压都不行。。。

有朋友能把解压好的发给我一份吗。。。

我正在为算不出键级而发愁

willcy_722@hotmail.com  感谢！

试了半天
一般的rar软件都让我升级glibc到2.7
太麻烦了
刚才终于找到不用升级就可以解压用的rar软件了
上传共享一下~
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41楼2011-08-31 22:45:24
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liuzhengjun0427

至尊木虫 (著名写手)

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非常感谢楼主的无私奉献！！
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46楼2011-10-26 09:13:08
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tangbaowei

木虫 (正式写手)

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高手啊
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47楼2011-10-26 12:51:16
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tangsw9113楼
2009-10-23 14:09   回复  
 
李许诺8楼
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朝阳王36楼
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kgyl38楼
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xianxianlu39楼
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hxhxjuzj40楼
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寒心雪45楼
2011-10-25 21:31   回复  
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hxliu_201048楼
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yjr49楼
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liqianjun50楼
2012-05-10 11:20   回复  
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