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clwg

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】求教charmm程序中的一点问题

* Generate PSF and CHARMM coordinate set for
* the protein Echistatin
*
! Read in Topology and Parameter files
open unit 1 card read name top_all22_prot.inp
read RTF card unit 1
close unit 1
open unit 1 card read name par_all22_prot.inp
read PARA card unit 1
close unit 1

! Read sequence from the PDB coordinate file
open unit 1 card read name 2ech.pdb
read sequ pdb unit 1

! now generate the PSF and also the IC table (SETU keyword)
generate prot setu

! add disulfide bonds using the patch command
patch disu prot 2 prot 11
patch disu prot 7 prot 32
patch disu prot 8 prot 37
patch disu prot 20 prot 39
在这里面有两点不明白
1：unit 1 card 指的是什么，
2:patch disu prot 2 prot 11是什么意思，特别是里面的patch与prot
谢谢指教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:37 ]

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1楼2009-10-19 10:38:46

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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管辖: 分子模拟

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-19 15:22

card 是charmm 的一个文件格式, 比pdb 存储了更多的内容
unit 是赋给这个文件的一个编号(pointer)
参考http://www.charmmtutorial.org/index.php/CHARMM:The_Basics

patch 对蛋白质进行修补
参考http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-1.html