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【求助】求教charmm程序中的一点问题
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* Generate PSF and CHARMM coordinate set for * the protein Echistatin * ! Read in Topology and Parameter files open unit 1 card read name top_all22_prot.inp read RTF card unit 1 close unit 1 open unit 1 card read name par_all22_prot.inp read PARA card unit 1 close unit 1 ! Read sequence from the PDB coordinate file open unit 1 card read name 2ech.pdb read sequ pdb unit 1 ! now generate the PSF and also the IC table (SETU keyword) generate prot setu ! add disulfide bonds using the patch command patch disu prot 2 prot 11 patch disu prot 7 prot 32 patch disu prot 8 prot 37 patch disu prot 20 prot 39 在这里面有两点不明白 1：unit 1 card 指的是什么， 2:patch disu prot 2 prot 11是什么意思，特别是里面的patch与prot 谢谢指教 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:37 ] |
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bay__gulf
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card 是charmm 的一个文件格式, 比pdb 存储了更多的内容 unit 是赋给这个文件的一个编号(pointer) 参考http://www.charmmtutorial.org/index.php/CHARMM:The_Basics patch 对蛋白质进行修补 参考http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-1.html |
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