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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock和vina的打分问题
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syfnet

新虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】autodock和vina的打分问题

使用vina和dovis分别对100多个分子打分、排序，发现这两种方法打分后的结果差别太大，用vina打分前列的分子，用autodock打分甚至排在最后，是vina问题呢还是两者都有问题。不知道有战友做过相关钻研没。

其实虚拟筛选对于打分是否精准要求不高，但不同分子结合能评价的排序必须要准确，如果是这个结果虚拟筛选有何科学性呢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:59 ]
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1楼 2009-10-18 09:15:18
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
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分子对接不仅粗略而且影响因素太多，实际上没有足够的经验还是不要单独玩这个游戏。
最好能与实验配合。
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2楼2009-10-18 10:26:45
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0):模拟这玩意儿，小玩怡情，大玩伤身。您指的是“计算模拟”这个学科领域，还是“autodock和vina的打分问题” 10-18 17:02
要设定训练集，来判断你对接出来的构象合理否，不行的话，继续调整。

另外，同意楼上的，要和实验数据结合评价。除非你是做理论的，模拟这玩意儿，小玩怡情，大玩伤身。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-10-18 14:47:30
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syfnet

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-18 14:47:
要设定训练集，来判断你对接出来的构象合理否，不行的话，继续调整。

另外，同意楼上的，要和实验数据结合评价。除非你是做理论的，模拟这玩意儿，小玩怡情，大玩伤身。

如何设定训练集，能不能给个相关的文章或网站？
我是准备把虚拟筛选的结果买一些回来，进行实验检测，但如果是这个结果都不知道买哪个好了

[ Last edited by syfnet on 2009-10-18 at 16:05 ]
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4楼2009-10-18 15:51:47
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-18 17:03
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-18 14:47:
小玩怡情，大玩伤身。

受教了，这句不错，收藏了。
感觉计算这个极需经验判断，现在刚开始学，算出来的东西都拿不准。
对很多算法会出现的偏差啊，还有一些体系对应的经验模型选择上都拿不准。
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5楼2009-10-18 16:45:35
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-19 09:28
引用回帖:
Originally posted by syfnet at 2009-10-18 15:51:


如何设定训练集，能不能给个相关的文章或网站？
我是准备把虚拟筛选的结果买一些回来，进行实验检测，但如果是这个结果都不知道买哪个好了

[ Last edited by syfnet on 2009-10-18 at 16:05 ]

训练集就是已知作用在同一位点的化合物，多采用已有晶体复合物结构的那些化合物，可用你的对接软件预测一下，在和他原先的晶体结构比较。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2009-10-19 06:57:38
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