应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD生成的石墨烯pbd文件如何正确转化为psf
51/1返回列表
查看: 1693  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者ccc阿鑫将赠送您 10 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ccc阿鑫

新虫 (小有名气)

[求助] VMD生成的石墨烯pbd文件如何正确转化为psf 已有1人参与

在VMD中使用工具可以得到石墨烯，通过保存坐标可以轻松得到pdb文件。但是psf文件怎么得到呢？
我试了VMD的autopsf工具，会自动闪退，没办法得到psf。
然后我在Tcl中，使用一下命令可以得到psf
package require topotools
topo retypebonds
topo guessangles
topo guessdihedrals mol reanalyze 0
animate write psf name.psf
生成的psf看起来都没有问题，但是在仿真时候会报错，"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C."

有没有大神知道如何得到正确的psf，十分感谢

@smutao @oxox6085 发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2024-03-08 23:53:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ccc阿鑫 at 2024-03-28 00:07:34
谢谢解答！ 但是这样只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，类似DNA测序那种，我是通过保存时候，选中部分原子做的。这样的话也可以用这个方式保存吗
...

可以的，你输入
set all [atomselect top “sqrt(x*x+y*y)>10”]
就可以保持纳米孔直径为10艾米的石墨烯片。

“想做石墨烯孔，类似DNA测序那种”这个在NAMD 官网上有这个具体的例子教程，你可以直接去下载
赞一下 回复此楼
6楼2024-04-17 16:12:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

先点鼠标：
Extensions --  Modeling --  Nanotube Builder  进入石墨烯和碳纳米管的建模界面
输入你想要的尺寸，然后点击最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型
进入 VMD TKconsole 输入命令：
set all [atomselect top all]
$all writepdb graphene.pdb
$all writepsf graphene.psf

既可把石墨烯模型保存在你的电脑里，位置在vmd的默认路径，你可以通过  pwd  命令查看
赞一下 回复此楼
2楼2024-03-12 09:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C."

这个错误貌似不是PSF的问题，是你在力场参数文件里没有正确设置的问题
赞一下 回复此楼
3楼2024-03-12 09:25:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccc阿鑫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2024-03-12 09:24:00
先点鼠标：
Extensions --  Modeling --  Nanotube Builder  进入石墨烯和碳纳米管的建模界面
输入你想要的尺寸，然后点击最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型
进入 VMD TKconsole 输入命令：
set all  ...

谢谢解答！ 但是这样只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，类似DNA测序那种，我是通过保存时候，选中部分原子做的。这样的话也可以用这个方式保存吗

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2024-03-28 00:07:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭