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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD生成的石墨烯pbd文件如何正确转化为psf
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ccc阿鑫

新虫 (小有名气)

[求助] VMD生成的石墨烯pbd文件如何正确转化为psf 已有1人参与

在VMD中使用工具可以得到石墨烯，通过保存坐标可以轻松得到pdb文件。但是psf文件怎么得到呢？
我试了VMD的autopsf工具，会自动闪退，没办法得到psf。
然后我在Tcl中，使用一下命令可以得到psf
package require topotools
topo retypebonds
topo guessangles
topo guessdihedrals mol reanalyze 0
animate write psf name.psf
生成的psf看起来都没有问题，但是在仿真时候会报错，"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C."

有没有大神知道如何得到正确的psf，十分感谢

@smutao @oxox6085 发自小木虫Android客户端
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1楼 2024-03-08 23:53:12
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

先点鼠标：
Extensions --  Modeling --  Nanotube Builder  进入石墨烯和碳纳米管的建模界面
输入你想要的尺寸，然后点击最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型
进入 VMD TKconsole 输入命令：
set all [atomselect top all]
$all writepdb graphene.pdb
$all writepsf graphene.psf

既可把石墨烯模型保存在你的电脑里，位置在vmd的默认路径，你可以通过  pwd  命令查看
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2楼2024-03-12 09:24:00
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C."

这个错误貌似不是PSF的问题，是你在力场参数文件里没有正确设置的问题
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3楼2024-03-12 09:25:16
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ccc阿鑫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2024-03-12 09:24:00
先点鼠标：
Extensions --  Modeling --  Nanotube Builder  进入石墨烯和碳纳米管的建模界面
输入你想要的尺寸，然后点击最下面的Generate Sheet就可以建好石墨烯模型
进入 VMD TKconsole 输入命令：
set all  ...

谢谢解答！ 但是这样只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，类似DNA测序那种，我是通过保存时候，选中部分原子做的。这样的话也可以用这个方式保存吗

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4楼2024-03-28 00:07:34
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ccc阿鑫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2024-03-12 09:25:16
"FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR C C C."

这个错误貌似不是PSF的问题，是你在力场参数文件里没有正确设置的问题

谢谢，我检查一下，c  c  c这种力场文件没有，我可以自己改力场文件加上这部分数据嘛

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5楼2024-03-28 00:08:47
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ccc阿鑫 at 2024-03-28 00:07:34
谢谢解答！ 但是这样只能保存完整的石墨烯膜，我想做石墨烯孔，类似DNA测序那种，我是通过保存时候，选中部分原子做的。这样的话也可以用这个方式保存吗
...

可以的，你输入
set all [atomselect top “sqrt(x*x+y*y)>10”]
就可以保持纳米孔直径为10艾米的石墨烯片。

“想做石墨烯孔，类似DNA测序那种”这个在NAMD 官网上有这个具体的例子教程，你可以直接去下载
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6楼2024-04-17 16:12:28
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