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【gromacs】如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF
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我有一个胶束（由40个分子A组成），还有一个药物分子B，请问如何计算胶束质心和药物分子质心之间的RDF？ gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -ref “com of group A” -sel “com of group B” -bin 0.03（这个命令得到的rdf和实际情况 不符合） 其中trajout.xtc 采用的下面的命令，已经让胶束和药物分子居中盒子了。 gmx trjconv -f md1.xtc -pbc cluster -center -s md1.tpr -n index.ndx 谢谢大家！ |
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