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sxsfdx

银虫 (小有名气)

[求助] 【gromacs】如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF

我有一个胶束(由40个分子A组成),还有一个药物分子B,请问如何计算胶束质心和药物分子质心之间的RDF?

gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -ref “com of group A” -sel “com of group B” -bin 0.03(这个命令得到的rdf和实际情况 不符合)


其中trajout.xtc 采用的下面的命令,已经让胶束和药物分子居中盒子了。

                              
gmx trjconv -f md1.xtc -pbc cluster -center -s md1.tpr -n index.ndx
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