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lijianyong

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子对接的问题

在分子对接中,出现
    The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.

    怎么处理,请指教。多谢多谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:23 ]
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敢问路在何方,路在脚下
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arthurii

木虫 (正式写手)

DS可以存pdb的,没必要把PDB导入到DS之后再转成msv。
你用DS直接打开一个PDB,看看是不是只有一个构象,要是主窗口是一堆东西堆到一起的,把其他重叠构象删除掉。要是MSV文件,在主窗口没看到多构象,就在显示分子例如分子量啊之类的那些数据的窗口(一般在下方)。点comformation,然后看看里面是不是有很多个comformation。
你是不是同源建模然后跑了动力学平衡之后直接用来做对接了?
10楼2009-10-14 09:13:22
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-13 14:02
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。
2楼2009-10-13 12:28:15
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lijianyong

金虫 (正式写手)

你说的文本编辑器在DS里面么,多谢
敢问路在何方,路在脚下
3楼2009-10-13 12:55:38
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lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-10-13 12:28:
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。

你好,你说的文本编辑器不在DS中吧,需要下载安装吧,我是个新手,多谢指点
敢问路在何方,路在脚下
4楼2009-10-13 12:59:55
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