24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 982  |  回复: 9
当前主题已经存档。

lijianyong

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子对接的问题

在分子对接中,出现
    The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.

    怎么处理,请指教。多谢多谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

敢问路在何方,路在脚下
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-13 14:02
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。
2楼2009-10-13 12:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijianyong

金虫 (正式写手)

你说的文本编辑器在DS里面么,多谢
敢问路在何方,路在脚下
3楼2009-10-13 12:55:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-10-13 12:28:
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。

你好,你说的文本编辑器不在DS中吧,需要下载安装吧,我是个新手,多谢指点
敢问路在何方,路在脚下
4楼2009-10-13 12:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-13 14:31
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器,也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗?
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2009-10-13 14:22:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 14:22:
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器,也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗?

你好,我从PDB中把蛋白晶体导入DS中是msv文件,用txt打开时乱码,你说的pdb文件是怎么转换的,多谢多谢
敢问路在何方,路在脚下
6楼2009-10-13 15:51:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
word, 记事本,ultraedit, vi, emacs等都属于文本编辑器
在windows下,建议使用ultraedit。
7楼2009-10-13 16:05:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我自己没在windows下读过,都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-10-13 17:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 17:43:
我自己没在windows下读过,都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。

你还在吧,我的QQ  674124116,要么你的Qq,我加你,谢谢。DS中文件为msv文件,pdb怎么转化呢,着急,多谢多谢
敢问路在何方,路在脚下
9楼2009-10-13 17:58:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

DS可以存pdb的,没必要把PDB导入到DS之后再转成msv。
你用DS直接打开一个PDB,看看是不是只有一个构象,要是主窗口是一堆东西堆到一起的,把其他重叠构象删除掉。要是MSV文件,在主窗口没看到多构象,就在显示分子例如分子量啊之类的那些数据的窗口(一般在下方)。点comformation,然后看看里面是不是有很多个comformation。
你是不是同源建模然后跑了动力学平衡之后直接用来做对接了?
10楼2009-10-14 09:13:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lijianyong 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南科大生物学297分,求调剂推荐 +5 Y-yyusx 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:53 by lijunpoly
[考研] 070300化学279求调剂 +16 哈哈哈^_^ 2026-03-31 19/950 2026-04-06 14:14 by 无际的草原
[考研] 288求调剂 +8 没有答案_ 2026-04-05 8/400 2026-04-06 14:11 by lqwchd
[考研] 0855求调剂材料 +11 红桃灼灼 2026-04-04 12/600 2026-04-06 10:26 by 蓝云思雨
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +9 元元青青 2026-03-31 12/600 2026-04-05 21:03 by 学员8dgXkO
[有机交流] 甲醇/二氯 1:15过柱子 5+3 a哎y呦w喂 2026-03-31 3/150 2026-04-05 10:42 by 88817753
[考研] 考研调剂 +6 15615482637 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:43 by yu221
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 一志愿华南师范361分,化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 考研调剂 +3 15615482637 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:50 by ms629
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 0855机械初试280求调剂 +3 kazenotori 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:08 by JourneyLucky
[考研] 085404 22408 315分 +5 zhuangyan123 2026-03-31 6/300 2026-03-31 13:48 by limeifeng
信息提示
请填处理意见