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lijianyong

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子对接的问题

在分子对接中,出现
    The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.

    怎么处理,请指教。多谢多谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:23 ]
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敢问路在何方,路在脚下
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-13 14:02
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。
2楼2009-10-13 12:28:15
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lijianyong

金虫 (正式写手)

你说的文本编辑器在DS里面么,多谢
敢问路在何方,路在脚下
3楼2009-10-13 12:55:38
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lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-10-13 12:28:
用文本编辑器打开PDB文件看一下,应该某个残基有2个坐标,直接删掉其中一个。
对接时,选择其中一个或者2个都对接一下。

你好,你说的文本编辑器不在DS中吧,需要下载安装吧,我是个新手,多谢指点
敢问路在何方,路在脚下
4楼2009-10-13 12:59:55
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-13 14:31
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器,也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗?
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
5楼2009-10-13 14:22:51
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lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 14:22:
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器,也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗?

你好,我从PDB中把蛋白晶体导入DS中是msv文件,用txt打开时乱码,你说的pdb文件是怎么转换的,多谢多谢
敢问路在何方,路在脚下
6楼2009-10-13 15:51:33
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
word, 记事本,ultraedit, vi, emacs等都属于文本编辑器
在windows下,建议使用ultraedit。
7楼2009-10-13 16:05:15
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我自己没在windows下读过,都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-10-13 17:43:22
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lijianyong

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 17:43:
我自己没在windows下读过,都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。

你还在吧,我的QQ  674124116,要么你的Qq,我加你,谢谢。DS中文件为msv文件,pdb怎么转化呢,着急,多谢多谢
敢问路在何方,路在脚下
9楼2009-10-13 17:58:14
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arthurii

木虫 (正式写手)

DS可以存pdb的,没必要把PDB导入到DS之后再转成msv。
你用DS直接打开一个PDB,看看是不是只有一个构象,要是主窗口是一堆东西堆到一起的,把其他重叠构象删除掉。要是MSV文件,在主窗口没看到多构象,就在显示分子例如分子量啊之类的那些数据的窗口(一般在下方)。点comformation,然后看看里面是不是有很多个comformation。
你是不是同源建模然后跑了动力学平衡之后直接用来做对接了?
10楼2009-10-14 09:13:22
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