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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】分子对接的问题
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lijianyong

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】分子对接的问题

在分子对接中，出现
    The selected molecule contains alternate conformations.
You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.

    怎么处理，请指教。多谢多谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:23 ]
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敢问路在何方，路在脚下
1楼 2009-10-13 12:24:26
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-13 14:02
用文本编辑器打开PDB文件看一下，应该某个残基有2个坐标，直接删掉其中一个。
对接时，选择其中一个或者2个都对接一下。
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2楼2009-10-13 12:28:15
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lijianyong

金虫 (正式写手)
你说的文本编辑器在DS里面么，多谢
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敢问路在何方，路在脚下
3楼2009-10-13 12:55:38
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lijianyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by nkyx at 2009-10-13 12:28:
用文本编辑器打开PDB文件看一下，应该某个残基有2个坐标，直接删掉其中一个。
对接时，选择其中一个或者2个都对接一下。

你好，你说的文本编辑器不在DS中吧，需要下载安装吧，我是个新手，多谢指点
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敢问路在何方，路在脚下
4楼2009-10-13 12:59:55
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-13 14:31
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器，也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗？
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-10-13 14:22:51
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lijianyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 14:22:
文本编辑器就是windows中的程序-附件中的文本编辑器，也就是读txt文件的文本编辑器。不知道我说清楚了吗？

你好，我从PDB中把蛋白晶体导入DS中是msv文件，用txt打开时乱码，你说的pdb文件是怎么转换的，多谢多谢
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敢问路在何方，路在脚下
6楼2009-10-13 15:51:33
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★
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word, 记事本，ultraedit, vi, emacs等都属于文本编辑器
在windows下，建议使用ultraedit。
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7楼2009-10-13 16:05:15
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我自己没在windows下读过，都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-10-13 17:43:22
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lijianyong

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-10-13 17:43:
我自己没在windows下读过，都是在Linux下用Vi编辑。你用写字板读应该可以。

你还在吧，我的QQ  674124116，要么你的Qq,我加你，谢谢。DS中文件为msv文件，pdb怎么转化呢，着急，多谢多谢
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敢问路在何方，路在脚下
9楼2009-10-13 17:58:14
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arthurii

木虫 (正式写手)
DS可以存pdb的，没必要把PDB导入到DS之后再转成msv。
你用DS直接打开一个PDB，看看是不是只有一个构象，要是主窗口是一堆东西堆到一起的，把其他重叠构象删除掉。要是MSV文件，在主窗口没看到多构象，就在显示分子例如分子量啊之类的那些数据的窗口（一般在下方）。点comformation，然后看看里面是不是有很多个comformation。
你是不是同源建模然后跑了动力学平衡之后直接用来做对接了？
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10楼2009-10-14 09:13:22
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