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shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 链霉菌基因组分析

各位大侠好:
      实验室最近通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列,老板让我从中把硫酸转移酶(sulfotransferase)的序列找出来,小弟以前没怎么接触生物信息学方面的知识,知识简单的使用过Blast,但是,现在这个基因组序列太大了,word文件可是有5000多页呢,所以,小弟在这里求各路大侠给小弟出出主意,谢谢了!
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cnlics

木虫 (小有名气)

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amisking(金币+2,VIP+0): 10-13 11:41
实话说,有点不理解。

既然你们有测长度达Mbp的序列并拼接起来的能力,为何对基因组注释不熟悉?你们实验室肯定有对生物信息学非常熟悉的人,要不吝请教啊。

我建议你先搞懂fasta等文件格式,什么是注释再找你要的基因,那样更容易些。

我看了下,Sanger中心多年前就测过这种微生物了。
5楼2009-10-13 10:42:50
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qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


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用离线分析软件,e.g. DNAMAN进行Blast.
2楼2009-10-11 21:33:02
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cnlics

木虫 (小有名气)

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amisking(金币+5,VIP+0): 10-12 08:16
amisking(金币+5,VIP+0):gu li xin chong ! 10-12 08:17
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列文件保存为txt格式,并导入一个序列管理软件,如Artemis,VectorNTI等,如果序列是你们自己测的并且注释了,你就可以直接搜索到你要的基因;如果是别人测序、注释的,你直接在网上搜索你要的基因即可。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3楼2009-10-12 00:43:44
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shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2009-10-12 00:43:
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列 ...

序列是自己测得,还没有注释,要自己注释,自己注释不知道该从何处下手?不知道您有什么具体的方法没?自己从基因组中把这个酶的基因找出来由什么好的方法没?
4楼2009-10-13 09:03:08
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