24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 493  |  回复: 4
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 链霉菌基因组分析

各位大侠好:
      实验室最近通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列,老板让我从中把硫酸转移酶(sulfotransferase)的序列找出来,小弟以前没怎么接触生物信息学方面的知识,知识简单的使用过Blast,但是,现在这个基因组序列太大了,word文件可是有5000多页呢,所以,小弟在这里求各路大侠给小弟出出主意,谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+5,VIP+0): 10-12 08:16
amisking(金币+5,VIP+0):gu li xin chong ! 10-12 08:17
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列文件保存为txt格式,并导入一个序列管理软件,如Artemis,VectorNTI等,如果序列是你们自己测的并且注释了,你就可以直接搜索到你要的基因;如果是别人测序、注释的,你直接在网上搜索你要的基因即可。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3楼2009-10-12 00:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用离线分析软件,e.g. DNAMAN进行Blast.
2楼2009-10-11 21:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2009-10-12 00:43:
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列 ...

序列是自己测得,还没有注释,要自己注释,自己注释不知道该从何处下手?不知道您有什么具体的方法没?自己从基因组中把这个酶的基因找出来由什么好的方法没?
4楼2009-10-13 09:03:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0): 10-13 11:41
实话说,有点不理解。

既然你们有测长度达Mbp的序列并拼接起来的能力,为何对基因组注释不熟悉?你们实验室肯定有对生物信息学非常熟悉的人,要不吝请教啊。

我建议你先搞懂fasta等文件格式,什么是注释再找你要的基因,那样更容易些。

我看了下,Sanger中心多年前就测过这种微生物了。
5楼2009-10-13 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[考研] 274求调剂 +8 山阿蔓 2026-04-07 8/400 2026-04-13 20:32 by biomen
[考研] 复试调剂 +17 积极向上; 2026-04-10 19/950 2026-04-13 19:53 by 闲人终南山
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 机械专硕270求调剂,接受跨专业 +12 老师看看我吧aba 2026-04-09 14/700 2026-04-11 10:21 by laoshidan
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
[考研] 材料307分求大佬组收留 +17 Hll胡 2026-04-07 17/850 2026-04-09 10:53 by liuhuiying09
[考研] 283电子信息求调剂 +4 三石WL 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:21 by wp06
[考研] 275 求调剂 +8 Lei812514 2026-04-07 8/400 2026-04-08 12:46 by chemisry
[考研] 计算机11408 287 求调剂 +3 LiLe5 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:15 by shanqishi
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 09:25 by 小黑不怕难
信息提示
请填处理意见