24小时热门版块排行榜    

查看: 565  |  回复: 4
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 链霉菌基因组分析

各位大侠好:
      实验室最近通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列,老板让我从中把硫酸转移酶(sulfotransferase)的序列找出来,小弟以前没怎么接触生物信息学方面的知识,知识简单的使用过Blast,但是,现在这个基因组序列太大了,word文件可是有5000多页呢,所以,小弟在这里求各路大侠给小弟出出主意,谢谢了!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+5,VIP+0): 10-12 08:16
amisking(金币+5,VIP+0):gu li xin chong ! 10-12 08:17
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列文件保存为txt格式,并导入一个序列管理软件,如Artemis,VectorNTI等,如果序列是你们自己测的并且注释了,你就可以直接搜索到你要的基因;如果是别人测序、注释的,你直接在网上搜索你要的基因即可。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3楼2009-10-12 00:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用离线分析软件,e.g. DNAMAN进行Blast.
2楼2009-10-11 21:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2009-10-12 00:43:
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列 ...

序列是自己测得,还没有注释,要自己注释,自己注释不知道该从何处下手?不知道您有什么具体的方法没?自己从基因组中把这个酶的基因找出来由什么好的方法没?
4楼2009-10-13 09:03:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0): 10-13 11:41
实话说,有点不理解。

既然你们有测长度达Mbp的序列并拼接起来的能力,为何对基因组注释不熟悉?你们实验室肯定有对生物信息学非常熟悉的人,要不吝请教啊。

我建议你先搞懂fasta等文件格式,什么是注释再找你要的基因,那样更容易些。

我看了下,Sanger中心多年前就测过这种微生物了。
5楼2009-10-13 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +3 cratir 2026-08-14 4/200 2026-08-14 11:47 by 医学老男孩
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
信息提示
请填处理意见