24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 497  |  回复: 4
当前主题已经存档。

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 链霉菌基因组分析

各位大侠好:
      实验室最近通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列,老板让我从中把硫酸转移酶(sulfotransferase)的序列找出来,小弟以前没怎么接触生物信息学方面的知识,知识简单的使用过Blast,但是,现在这个基因组序列太大了,word文件可是有5000多页呢,所以,小弟在这里求各路大侠给小弟出出主意,谢谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
用离线分析软件,e.g. DNAMAN进行Blast.
2楼2009-10-11 21:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+5,VIP+0): 10-12 08:16
amisking(金币+5,VIP+0):gu li xin chong ! 10-12 08:17
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列文件保存为txt格式,并导入一个序列管理软件,如Artemis,VectorNTI等,如果序列是你们自己测的并且注释了,你就可以直接搜索到你要的基因;如果是别人测序、注释的,你直接在网上搜索你要的基因即可。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3楼2009-10-12 00:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuhua759

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2009-10-12 00:43:
“通过基因组扫描的方法得到了一株链霉菌基因组序列”这话比较难以理解。一般来说,基因组扫描和基因组测序有很大的差别。

再者,用word处理DNA序列,你的风格真独特,但绝对不是个好方法。

你应该先将序列 ...

序列是自己测得,还没有注释,要自己注释,自己注释不知道该从何处下手?不知道您有什么具体的方法没?自己从基因组中把这个酶的基因找出来由什么好的方法没?
4楼2009-10-13 09:03:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0): 10-13 11:41
实话说,有点不理解。

既然你们有测长度达Mbp的序列并拼接起来的能力,为何对基因组注释不熟悉?你们实验室肯定有对生物信息学非常熟悉的人,要不吝请教啊。

我建议你先搞懂fasta等文件格式,什么是注释再找你要的基因,那样更容易些。

我看了下,Sanger中心多年前就测过这种微生物了。
5楼2009-10-13 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shuhua759 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +4 qut2026 2026-04-11 8/400 2026-04-17 16:10 by 会飞的猪157
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 335求调剂 +20 想上岸呀!! 2026-04-12 23/1150 2026-04-17 10:50 by cuisz
[考研] 求调剂 +8 小聂爱学习 2026-04-16 10/500 2026-04-16 22:06 by 1shin_ichi
[考研] 22408 312求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-14 25/1250 2026-04-16 21:21 by Art1977
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 求助调剂,跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 通信工程求调剂!!! +6 zlb770521 2026-04-14 6/300 2026-04-15 20:00 by 学员JpLReM
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 271求调剂 +35 2261744733 2026-04-11 41/2050 2026-04-14 15:36 by zs92450
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +24 叶zilin 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 09:20 by 试管破裂
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 材料考研调剂 +29 云木达达 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 13:32 by lyh鲁老师
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 求调剂,一志愿材料科学与工程985,365分, +8 材化李可 2026-04-11 10/500 2026-04-12 08:42 by 852137818
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
信息提示
请填处理意见