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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于药物设计中的蛋白质模型
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于药物设计中的蛋白质模型

请教各位高手：

我做药物设计用的蛋白质模型缺少C-末端和N-末端共62个氨基酸。原因是C-末端和N-末端的这62个氨基酸对小分子的结合作用贡献较小。

我的问题是：在我做分子对接时，我需不需要将这62个氨基酸补上？？如果需要补的话，应该用什么工具？？


希望各位多给些建议，不胜感激！！！！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:58 ]
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1楼 2009-10-10 09:04:00
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js.ao

银虫 (正式写手)
★
一步一步(金币+1,VIP+0): 10-10 15:19
帮LZ顶一下，是计算的问题的话可以帮忙！
赞一下 回复此楼
爱是一道光，如此美妙
2楼2009-10-10 11:26:11
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 12:28
一步一步(金币+1,VIP+0): 10-10 15:18
既然作用小，就不用补咯
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-10-10 11:44:18
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 12:41
一步一步(金币+1,VIP+0): 10-10 15:18
嗯,同意楼上.如果LZ不打算用考虑蛋白柔性的软件,就不用管了.
62个氨基酸还是蛮多的呀,应该需要一些数据构建骨架才能补上,sybyl应该不太可以胜任,LZ还是找些专业的做这方面的软件比较好.
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4楼2009-10-10 12:36:52
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-10 13:35
一步一步(金币+1,VIP+0): 10-10 15:18
末端残基不用补的，一是其贡献不大；二是补上之后也优化不好，因其柔性较大
赞一下(11人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-10-10 12:42:39
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by js.ao at 2009-10-10 11:26:
帮LZ顶一下，是计算的问题的话可以帮忙！

呵呵，多谢多谢！！！
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6楼2009-10-10 15:19:26
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