24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 564  |  回复: 4
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yalefield

主管区长

老汉一枚

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[交流] 【分享】New Version of OpenMM Zephyr for GUI-Based MD Simulations Available

关于GPU,先看看俺的《谈谈GPU吧》
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=672463&view=old

下面是一个新消息:

With version 0.9.2, OpenMM Zephyr makes it even easier to run molecular dynamics simulations.

OpenMM Zephyr is a freely available molecular simulation application with an easy-to-use graphical user interface and GPU-acceleration capabilities on both NVIDIA and ATI GPUs.

Built on GROMACS, this latest version of OpenMM Zephyr has automated many of the steps for converting PDB molecule files into the AMBER96 format required.
OpenMM Zephyr runs on Windows, Mac OSX, and Linux (32-bit, and with this release, also 64-bit).

It can be freely downloaded from:
http://simtk.org/home/zephyr

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:24 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:15
GpU貌似有成为主流的可能啊。
这个据说运算的很快!
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
5楼2009-11-09 20:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

gwdavid

兑换贵宾

小木虫散兵坑坑长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
老汉同志!求救呀!我遇到了一个很棘手的问题,很长时间没有解决了,希望老汉指点一二!

我的问题如下:

【目的】利用分子动力学模拟计算蛋白-配体复合物的结合自由能

【方法】使用LIE方法计算结合自由能,利用GROMACS进行分子动力学采样,为得到较好的结果,使用全原子力场OPSL/AA(问题就出在这个力场上)

【结果】使用LIE方法需要进行一步对ligand在水溶液中的单独模拟。而这需要有ligand的基于OPLSAA力场的TOP文件,传说中的PRODRG仅能生成基于GROMOS87的联合力场TOP文件。用过现存的可以自动产生OPLS力场TOP文件的工具MKtop,可是这只是一个perl的文件,我运行之后产生的top文件,里边基本啥都没有。。。。5555555.。。。。

【结论】请老汉帮忙!想来遍及论坛,也只有老汉能指点晚辈一二!
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-09-29 15:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

版主

老汉一枚

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!


yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-10 11:01
太客气了。

俺,一届武夫,
平日在楼道里煎炒烹炸,似追跑打斗;
进学堂不得不指点江山,如慷慨就义。
现如今,闲暇胜步,挖、灌、顶;
到从头,囊空脑肥,呆、傻、乜。

------------------------------------------------
看看这个是不是管用:

Gromacs决定力场参数的方式

Sobereva说:

http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... c72e6735a80f53.html
3楼2009-09-29 19:02:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkllh

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
晕,我Intel的,不支持。
Thinkwiththeworld.
4楼2009-11-09 17:48:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600,349 +9 吃的不少 2026-03-30 9/450 2026-04-01 11:24 by wangjy2002
[考研] 321求调剂 +4 y-yh 2026-04-01 4/200 2026-04-01 11:17 by Jaylen.
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 0703一志愿9,初试成绩:338,四六级已过,有科研经历,求调剂! +8 Zuhui0306 2026-03-25 8/400 2026-04-01 09:38 by topgun2009
[考研] 一志愿a区211,085601-307分求调剂 +10 党嘉豪 2026-03-31 23/1150 2026-03-31 18:44 by JourneyLucky
[考研] 本2一志愿C9-333分,材料科学与工程,求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-30 11/550 2026-03-31 16:34 by 邱gl
[考研] 材料与化工272求调剂 +25 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 25/1250 2026-03-31 16:27 by hypershenger
[考研] 320分,材料与化工专业,求调剂 +10 一定上岸aaa 2026-03-27 14/700 2026-03-31 10:47 by foria
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 298求调剂 +3 什么是胖头鱼 2026-03-30 5/250 2026-03-30 14:41 by 青海小西牛
[考研] 求调剂,一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-29 20:21 by dophin1985
[考研] 327求调剂 +6 汲亦昊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:40 by peike
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 086502化学工程342求调剂 +6 阿姨复古不过 2026-03-27 6/300 2026-03-28 07:06 by wangy0907
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 打过很多竞赛,085406控制工程300分,求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
信息提示
请填处理意见