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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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[交流] 【分享】New Version of OpenMM Zephyr for GUI-Based MD Simulations Available

关于GPU，先看看俺的《谈谈GPU吧》
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=672463&view=old

下面是一个新消息：

With version 0.9.2, OpenMM Zephyr makes it even easier to run molecular dynamics simulations.

OpenMM Zephyr is a freely available molecular simulation application with an easy-to-use graphical user interface and GPU-acceleration capabilities on both NVIDIA and ATI GPUs.

Built on GROMACS, this latest version of OpenMM Zephyr has automated many of the steps for converting PDB molecule files into the AMBER96 format required.
OpenMM Zephyr runs on Windows, Mac OSX, and Linux (32-bit, and with this release, also 64-bit).

It can be freely downloaded from:
http://simtk.org/home/zephyr

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:24 ]

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1楼 2009-09-29 10:08:46

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

老汉同志！求救呀！我遇到了一个很棘手的问题，很长时间没有解决了，希望老汉指点一二！

我的问题如下：

【目的】利用分子动力学模拟计算蛋白-配体复合物的结合自由能

【方法】使用LIE方法计算结合自由能，利用GROMACS进行分子动力学采样，为得到较好的结果，使用全原子力场OPSL/AA（问题就出在这个力场上）

【结果】使用LIE方法需要进行一步对ligand在水溶液中的单独模拟。而这需要有ligand的基于OPLSAA力场的TOP文件，传说中的PRODRG仅能生成基于GROMOS87的联合力场TOP文件。用过现存的可以自动产生OPLS力场TOP文件的工具MKtop，可是这只是一个perl的文件，我运行之后产生的top文件，里边基本啥都没有。。。。5555555.。。。。

【结论】请老汉帮忙！想来遍及论坛，也只有老汉能指点晚辈一二！

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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

2楼2009-09-29 15:54:01

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yalefield

金虫 (文坛精英)

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-10 11:01

太客气了。

俺，一届武夫，
平日在楼道里煎炒烹炸，似追跑打斗；
进学堂不得不指点江山，如慷慨就义。
现如今，闲暇胜步，挖、灌、顶；
到从头，囊空脑肥，呆、傻、乜。

------------------------------------------------
看看这个是不是管用：

Gromacs决定力场参数的方式

Sobereva说：

http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... c72e6735a80f53.html

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3楼2009-09-29 19:02:51

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