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森林7631

铜虫 (小有名气)

[交流] 测序结果分析

我的一个基因送去测序,测序结果回来比对竟然引物都找不到,重新拼接后还是没有,猜想是突变了,查找引物中的5-6个碱基却在一个反应的测序结果中查找到了,这样的结果还可信不,刚接触到这方面,还请各位多多指导,谢了啊
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Time lost can not be recalled.
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


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将测序结果反向或者互补之后再重新比对试试。
2楼2009-09-26 21:15:06
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森林7631

铜虫 (小有名气)

都整过了,就是找不到,我的序列大概1300个碱基,两个反应,后来只查找引物中的几个却在同一个反应的测序结果中查找到,与原引物对比其中一个是2个碱基不同,另一个则好多,
Time lost can not be recalled.
3楼2009-09-26 21:40:45
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生命核心

木虫 (正式写手)

建议再测一次
4楼2009-09-26 22:30:21
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


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你的引物有多长,是不是特异性不好?
5楼2009-09-26 23:30:57
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gastrodia

金虫 (正式写手)


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Blast了没有,若是送PCR产物测序的,找不到引物是很正常的,因为从测序引物开始后的50bp左右的碱基通常都读不出来,如果是克隆测序找不到引物,重做吧
6楼2009-09-27 09:07:06
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wlwhappy

银虫 (正式写手)


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那些测出来的不同的碱基的峰值好不好,不好的话应该就是不可信的,建议将此区域扩大并且分为前后两个小区域重新设计引物测序。
7楼2009-09-27 09:26:27
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經天

铁杆木虫 (著名写手)


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这种情况我也遇见过,正反引物都找了没有的话,可以问问测序公司测序时用的是什么引物,如果是你提供的引物找不到直接叫他们重测,两个反应都双向测通,叫他们给你拼接结果,一般公司你不强调是不会给你拼接的。
一种与世无争的上进,内在的坚毅和质朴无华的大度!【穷吾一生而追求之!】
8楼2009-09-27 09:34:13
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森林7631

铜虫 (小有名气)

谢谢大家,我已经重新做了,但测序结果还是找不到引物序列,这个引物是通用引物,更使我纳闷的是两次测序结果竟然几乎是找不到相同的,但我把这次测序和上次测序的菌株液体培养提取质粒检测大小一样,真的是不知道怎么整了,请大家帮忙分析一下,谢了
Time lost can not be recalled.
9楼2009-10-12 20:11:59
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oyjenvol

金虫 (小有名气)


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不是突变的问题,这样的问题很有可能遇到,因为F和R端在做测序反应时都有一部分没能测序出来,而你的引物刚好落在那部分区域的话,你比对就有可能查找不出来
引用回帖:
Originally posted by 森林7631 at 2009-9-26 20:57:
我的一个基因送去测序,测序结果回来比对竟然引物都找不到,重新拼接后还是没有,猜想是突变了,查找引物中的5-6个碱基却在一个反应的测序结果中查找到了,这样的结果还可信不,刚接触到这方面,还请各位多多指导 ...

我思故我存在!
10楼2009-10-12 20:18:13
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