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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 测序结果分析
汕头大学海洋科学接受调剂
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森林7631

铜虫 (小有名气)

[交流] 测序结果分析

我的一个基因送去测序，测序结果回来比对竟然引物都找不到，重新拼接后还是没有，猜想是突变了，查找引物中的5-6个碱基却在一个反应的测序结果中查找到了，这样的结果还可信不，刚接触到这方面，还请各位多多指导，谢了啊
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Time lost can not be recalled.
1楼 2009-09-26 20:57:09
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
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将测序结果反向或者互补之后再重新比对试试。
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2楼2009-09-26 21:15:06
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森林7631

铜虫 (小有名气)
都整过了，就是找不到，我的序列大概1300个碱基，两个反应，后来只查找引物中的几个却在同一个反应的测序结果中查找到，与原引物对比其中一个是2个碱基不同，另一个则好多，
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Time lost can not be recalled.
3楼2009-09-26 21:40:45
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生命核心

木虫 (正式写手)
建议再测一次
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4楼2009-09-26 22:30:21
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
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你的引物有多长，是不是特异性不好？
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5楼2009-09-26 23:30:57
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★
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Blast了没有，若是送PCR产物测序的，找不到引物是很正常的，因为从测序引物开始后的50bp左右的碱基通常都读不出来，如果是克隆测序找不到引物，重做吧
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6楼2009-09-27 09:07:06
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wlwhappy

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
那些测出来的不同的碱基的峰值好不好，不好的话应该就是不可信的，建议将此区域扩大并且分为前后两个小区域重新设计引物测序。
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7楼2009-09-27 09:26:27
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經天

铁杆木虫 (著名写手)
★
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这种情况我也遇见过，正反引物都找了没有的话，可以问问测序公司测序时用的是什么引物，如果是你提供的引物找不到直接叫他们重测，两个反应都双向测通，叫他们给你拼接结果，一般公司你不强调是不会给你拼接的。
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一种与世无争的上进，内在的坚毅和质朴无华的大度！【穷吾一生而追求之！】
8楼2009-09-27 09:34:13
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森林7631

铜虫 (小有名气)
谢谢大家，我已经重新做了，但测序结果还是找不到引物序列，这个引物是通用引物，更使我纳闷的是两次测序结果竟然几乎是找不到相同的，但我把这次测序和上次测序的菌株液体培养提取质粒检测大小一样，真的是不知道怎么整了，请大家帮忙分析一下，谢了
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Time lost can not be recalled.
9楼2009-10-12 20:11:59
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oyjenvol

金虫 (小有名气)
★
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不是突变的问题，这样的问题很有可能遇到，因为F和R端在做测序反应时都有一部分没能测序出来，而你的引物刚好落在那部分区域的话，你比对就有可能查找不出来
引用回帖:
Originally posted by 森林7631 at 2009-9-26 20:57:
我的一个基因送去测序，测序结果回来比对竟然引物都找不到，重新拼接后还是没有，猜想是突变了，查找引物中的5-6个碱基却在一个反应的测序结果中查找到了，这样的结果还可信不，刚接触到这方面，还请各位多多指导 ...

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我思故我存在！
10楼2009-10-12 20:18:13
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