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staphlee

金虫 (正式写手)

[交流] .lst生成的氢键表没有对称操作怎办???

请问各位牛人...我在.ins中输入htab想要找寻氢键...在.lst表中生成了以下

Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.
DH d(DH) d(H..A) N4-H4C 0.853 2.349 131.82 2.986 Cl1

请问这样的氢键怎处理???有人可以帮帮忙嘛??
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huaxue200

新虫 (小有名气)


staphlee(金币+1,VIP+0): 9-26 13:22
PWT可以直接产生的
6楼2009-09-26 01:02:37
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查看全部 8 个回答

monoclinic

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
staphlee(金币+3,VIP+0):謝謝 9-25 15:14
lst中没有对称操作,表示这是一个分子内氢键,只要在ins中写上
HTAB  N4  CL1
就可以了,CIF自会产生氢键列表的。

不过这个H4C好像处理得不够规范,sp3 N上的 N--H 理论值是0.89
2楼2009-09-25 14:53:42
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vink

木虫 (著名写手)


staphlee(金币+1,VIP+0):謝謝 9-25 15:15
PLATON,去下载了用吧,最简单
diamond也可以吧,但是没用过
有些是没有的,好多论文中也没有,

[ Last edited by vink on 2009-9-25 at 14:55 ]
3楼2009-09-25 14:54:40
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staphlee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by monoclinic at 2009-9-25 14:53:
lst中没有对称操作,表示这是一个分子内氢键,只要在ins中写上
HTAB  N4  CL1
就可以了,CIF自会产生氢键列表的。

不过这个H4C好像处理得不够规范,sp3 N上的 N--H 理论值是0.89

这个H4C是氮上的氢...我是用Q峰加上去的
我直接把那个Q峰命名为H4C...
name q1 H4C
我不确定这样行不行的通
有需要规范嘛???要如何规范呢??怎样才能规范到0.89呢??
请指导一下

你说的没错...这是个分子内氢键
但是看起来怪怪的....我有个疑问就是..
所有.lst提示的氢键一定是正确的嘛???还是说有什么要注意的??
谢谢帮我回答一下好吗??
4楼2009-09-25 15:20:01
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