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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » .lst生成的氢键表没有对称操作怎办???
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staphlee

金虫 (正式写手)

[交流] .lst生成的氢键表没有对称操作怎办???

请问各位牛人...我在.ins中输入htab想要找寻氢键...在.lst表中生成了以下

Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and 110 deg.
DH d(DH) d(H..A) N4-H4C 0.853 2.349 131.82 2.986 Cl1

请问这样的氢键怎处理???有人可以帮帮忙嘛??
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1楼 2009-09-25 12:10:08
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monoclinic

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
staphlee(金币+3,VIP+0):謝謝 9-25 15:14
lst中没有对称操作，表示这是一个分子内氢键，只要在ins中写上
HTAB  N4  CL1
就可以了，CIF自会产生氢键列表的。

不过这个H4C好像处理得不够规范，sp3 N上的 N--H 理论值是0.89
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2楼2009-09-25 14:53:42
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vink

木虫 (著名写手)
★
staphlee(金币+1,VIP+0):謝謝 9-25 15:15
PLATON,去下载了用吧，最简单
diamond也可以吧，但是没用过
有些是没有的，好多论文中也没有，

[ Last edited by vink on 2009-9-25 at 14:55 ]
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3楼2009-09-25 14:54:40
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staphlee

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by monoclinic at 2009-9-25 14:53:
lst中没有对称操作，表示这是一个分子内氢键，只要在ins中写上
HTAB  N4  CL1
就可以了，CIF自会产生氢键列表的。

不过这个H4C好像处理得不够规范，sp3 N上的 N--H 理论值是0.89

这个H4C是氮上的氢...我是用Q峰加上去的
我直接把那个Q峰命名为H4C...
name q1 H4C
我不确定这样行不行的通
有需要规范嘛???要如何规范呢??怎样才能规范到0.89呢??
请指导一下

你说的没错...这是个分子内氢键
但是看起来怪怪的....我有个疑问就是..
所有.lst提示的氢键一定是正确的嘛???还是说有什么要注意的??
谢谢帮我回答一下好吗??
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4楼2009-09-25 15:20:01
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monoclinic

木虫 (小有名气)
★ ★
staphlee(金币+2,VIP+0): 9-26 13:22
N上应该可以理论加氢的。如果是理论加氢则键长就是理论值。
点击加氢框，选择一个合适的模式（sp? sp2? sp3?）

lst列出的氢键应该是正确的。

氢键看上去怪怪的？
可能显示出来的CL不在同一分子套内。
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5楼2009-09-25 16:39:39
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huaxue200

新虫 (小有名气)
★
staphlee(金币+1,VIP+0): 9-26 13:22
PWT可以直接产生的
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6楼2009-09-26 01:02:37
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by monoclinic at 2009-9-25 16:39:
N上应该可以理论加氢的。如果是理论加氢则键长就是理论值。
点击加氢框，选择一个合适的模式（sp? sp2? sp3?）

lst列出的氢键应该是正确的。

氢键看上去怪怪的？
可能显示出来的CL不在同一分子套内。

monoclinic老师，麻烦您详细说一下在N上理论加氢的步骤（最好举个例子，本人不胜感激），我对您以上描述有些看不懂，（初学者，请老师见谅）谢谢您！
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7楼2009-09-26 08:35:03
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
staphlee(金币+3,VIP+0): 9-26 13:22
N上理论加氢也是一样的吧. 就是在xp中, hadd N1; 或hadd n N1 ( n= 1,2,3)


.lst提示的氢键不一定是正确的.
氢键除了合理的D...A距离范围, 更要看 D-H...A的角度.
.lst给的有时角度太小, 不一定要算的.
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xi2004-emuch@163.com
8楼2009-09-26 09:45:35
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