应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教关于测序结果的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 992  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士

[交流] 请教关于测序结果的问题

最近在P丝状真菌的一个基因，开始根据蛋白比对设计的简并引物，由于特异性不强P出来N多条带，测序，比对发现和其他真菌基因相似性只有39%左右。而其它真菌之间比对在47%左右。我不知道相似性达到多少才算成功。。
然后我干脆找了和该菌亲缘关系比较近的真菌直接设计了特异性引物，也是P出来N多条带，本来目标片段的长度应该是1500bp，在400bp左右有一最亮条带，回收后测序，测序结果发现和其他真菌基因相似性也只有40%
是不是我两次PCR都失败了？
郁闷死了，已经做了几个月了，不知道该怎样进行下去了，现在已经公布的该基因的全序列和我做得亲缘关系最近的只有同属于曲霉科的黑曲霉。
请求各位老师帮助。。

PS：我是直接以DNA为模板，有老师说要用mRNA,是一定要用mRNA吗？难道我从一开始就错了？

[ Last edited by yidaqunyan on 2009-9-22 at 14:36 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
不孝有三，读博为大！
1楼 2009-09-22 09:08:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2009-9-22 10:53:
兼并引物是否是上游从ATG开始，下游是从TGA开始？
兼并引物一般都是得到多条带，很正常啊，兼并啊，你可以设计嵌套引物，先用外侧引物进行扩增，然后再使用内侧引物扩增，经过2次兼并PCR，得到的结果就很特异了， ...

那请问老师，是不是我的两次PCR结果没有什么用啊。。。
还有，简并引物必须要从ATG开始吗？
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
3楼2009-09-22 11:29:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

gastrodia

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
yidaqunyan(金币+2,VIP+0):谢谢老师 9-22 11:27
amisking(金币+2,VIP+0): 10-9 13:21
兼并引物是否是上游从ATG开始，下游是从TGA开始？
兼并引物一般都是得到多条带，很正常啊，兼并啊，你可以设计嵌套引物，先用外侧引物进行扩增，然后再使用内侧引物扩增，经过2次兼并PCR，得到的结果就很特异了，而且两次最好都是使用Touchdown的方法，得到片段后，既可以进行genomewalking又或者RACE
赞一下(21人) 回复此楼
2楼2009-09-22 10:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioxixi

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
yidaqunyan(金币+2,VIP+0):谢谢老师 9-22 14:33
amisking(金币+2,VIP+0): 10-9 13:21
目标片段的长度应该是1500bp，结果在400bp左右批出条带，用这个比对意义不大，既然是同属的，基因相差应该不会很大才对。
1 可以多找几种生物，哪怕亲缘关心稍远一点也可以，比对后设计引物
2 有多条条带，建议用楼上说的巢式或半巢式PCR，可以提高特异性
3 提高PCR的退火温度
另外就是相似性39%左右，已经不低了，如果是和其他物种比对的话，要是亲缘关系很近应该会高些，也说不好
赞一下(21人) 回复此楼
4楼2009-09-22 13:33:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
引用回帖:
Originally posted by bioxixi at 2009-9-22 13:33:
目标片段的长度应该是1500bp，结果在400bp左右批出条带，用这个比对意义不大，既然是同属的，基因相差应该不会很大才对。
1 可以多找几种生物，哪怕亲缘关心稍远一点也可以，比对后设计引物
2 有多条条带，建议 ...

谢谢老师回答，但是主要是同样的基因在其他别的两种物种，比如木霉和粗糙麦孢菌以及麦孢菌和黑曲之间相似度都是46%啊
赞一下 回复此楼
不孝有三，读博为大！
5楼2009-09-22 14:34:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 273求调剂 +4 白居不易. 2026-04-09 6/300 2026-04-14 19:54 by 逆水乘风
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +21 hualkop 2026-04-12 22/1100 2026-04-14 17:44 by lhj2009
[考研] 297工科调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-13 13/650 2026-04-14 16:46 by Art1977
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +24 好好休息好不好 2026-04-09 27/1350 2026-04-13 22:22 by pies112
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +11 不会吃肉 2026-04-12 11/550 2026-04-13 21:59 by bljnqdcc
[基金申请] 2026 WR青拔 +3 冬日阳光CAS 2026-04-09 6/300 2026-04-13 18:40 by liuchb715
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 296求调剂 +14 汪！？！ 2026-04-10 16/800 2026-04-12 10:48 by zhouyuwinner
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-09 12/600 2026-04-12 10:32 by 逆水乘风
[考研] 一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 086003调剂求助 +21 苏弋万 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 20:25 by dongdian1
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550， 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 293调剂 +25 yj1221 2026-04-08 26/1300 2026-04-10 15:02 by 柴小白
[考研] 化学工程与技术专业一志愿哈工程 291分B区 国家级大创负责人 有一作论文 +13 Emmy~ 2026-04-09 13/650 2026-04-09 14:47 by only周
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭