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limingtiaan2至尊木虫 (职业作家)
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[交流]
水分子上氢原子
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CIF 检测时，发现有A、B级错误，费了很长时间都没有弄好，期待高手指点。 Alert level A PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H5D .. H6B .. 1.60 Ang. PLAT482_ALERT_4_A Small D-H..A Angle Rep for O6 .. O5 .. 13.00 Deg. PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 122.00, Rep 13.00 Dev... 109.00 Deg. O6 -H6B -O5 1.555 1.555 1.555 PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O6 - H6A ... ? 后来进行精修，发现H2O 分子位于三重轴上，即O6和H6A都是在轴上。当继续加氢时，H6B，grow后发现水分子上面有4个氢原子，所以肯定是错误的，但是不加H6B时，grow后只有1个氢原子，所以也是不对的。所以请教高手，如何加氢。 谢谢！ [ Last edited by limingtiaan2 on 2009-9-22 at 09:37 ] |
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4楼2009-09-21 21:41:39
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PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H5D .. H6B .. 1.60 Ang. H5D、H6B里面至少有一颗H的位置不合适，或者两颗都不合适，H5D..H6B距离太短。 PLAT482_ALERT_4_A Small D-H..A Angle Rep for O6 ..O5 .. 13.00 Deg. PLAT728_ALERT_1_A D-H..A Calc 122.00, Rep 13.00 Dev... 109.00 Deg. O6 -H6B -O5 1.555 1.555 1.555 这二个是同一个问题，即对称代码不正确，其中至少O5不会是1.555。 PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O6 - H6A ... ? H6A没有受体，如果能找到（连接氢键的）受体最好，实在没有也没办法。 |
2楼2009-09-21 15:51:30
3楼2009-09-21 21:20:42
