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单增梅

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[交流] 两个ALERT A怎么解决？

出现这个PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set
和PLAT234_ALERT_4_A Large Hirshfeld Difference C18 -- C43 .. 0.32 Ang
怎么解决？？

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1楼 2009-09-21 11:52:20

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单增梅

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★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-28 18:52

引用回帖:

Originally posted by monoclinic at 2009-9-21 21:48:
1. 第一个问题可能是有原子不在同一个等效点系。
例如：金属离子上连接了另一个分子上的氧原子。
原子座标可以反映出来，用Hg也可以查看到。

2. 第二个问题要用 DFIX 指令，如：
如： DFIX 1.535 0.0005 ...

第一个问题：若不加氢原子就不会出现这个问题，在有机配体上加了氢后才出现的（理论加氢），所以你的这个解答方法行不通啊。
Coordinates do not Form a Properly Connected Set 这句话的解释是

Atoms given in a CIF should form a 'connected set', i.e. no symmetry
operations are needed to get atoms in a bonding position. A connected set of
atoms is not needed for the least squares refinement (unless hydrogen atoms
are to be added at calculated positions). Geometry listings (bonds, angles,
torsions & H-bonds) become unwieldy for non-connected atom sets.