版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

zhaoyuling

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 998.7
帖子: 173
在线: 78.1小时
虫号: 408532
注册: 2007-06-21
性别: MM
专业: 理论和计算化学

[交流] 【求助】gaussian 中oniom如何设置

用gaussian计算，采用oniom模型，但一直报错，缺少原子参数，我的input文件如下：%chk=2layer3.chk
%mem=128MW
%nprocshared=4
# opt oniom(b3lyp/sto-3g:amber)

3

0 1 0 2 0 2
C-CV--0.094000 0 -2.23654200 1.20363900 0.22320900 H
C-CV--0.062000 0 -0.89294800 1.34761700 0.03032600 H
C-CK--0.024000 0 -1.40426800 -0.77038800 -0.30985300 H
N-N*--0.090000 0 -2.53765700 -0.12870200 0.00638400 H
H-H4-0.259000 0 -2.99412800 1.92610700 0.48749900 H
H-H4-0.259000 0 -0.26202000 2.22093200 0.09730600 H
H-H5-0.265000 0 -1.32352400 -1.82309600 -0.53764300 H
N-N*--0.148000 0 -0.39044700 0.10341800 -0.30423000 H
C-CT--0.580000 0 1.03386500 -0.21796400 -0.56600300 H
H-H1-0.255000 0 1.39877700 0.53279200 -1.27116200 H
H-H1-0.230000 0 1.04898000 -1.18644100 -1.07432400 H
C-CT--0.348000 0 -3.87548200 -0.73301200 0.09737400 H
H-H1-0.269000 0 -4.26554900 -0.60075500 1.10879700 H
H-H1-0.270000 0 -4.53974000 -0.25614400 -0.62655100 H
H-H1-0.242000 0 -3.79893600 -1.79768700 -0.12611900 H
C-CT--0.108000 0 1.86833900 -0.25528900 0.72026100 H
H-HC-0.221000 0 1.82797200 0.72676900 1.21055600 H
H-HC-0.217000 0 1.41507000 -0.97699800 1.41227500 H
C-CT--0.448000 0 3.33650300 -0.64112100 0.45949700 H
H-HC-0.226000 0 3.81909500 -0.76731400 1.43588700 H
H-HC-0.209000 0 3.37386500 -1.62683400 -0.02526400 H
C-CT--0.657000 0 4.13009100 0.37956900 -0.36674800 H
H-HC-0.230000 0 5.18129300 0.08130700 -0.43496800 H
H-HC-0.195000 0 3.75791100 0.47140700 -1.39462200 H
H-HC-0.214000 0 4.10031000 1.37463900 0.09487400 H
Na-0.871       0 2.90854900 -3.57197175 -0.03086612 H
O-1.313       0 0.84887333 -3.57216657 0.00568620 H
H-0.442       0 -0.11097553 -3.57225736 0.02272029 H
B-0.640       0 -2.34029558 -4.16318202 -0.03865255 H
F-0.410       0 -1.85362049 -3.47493776 1.15343268 H
F-0.410       0 -3.80029558 -4.16316403 -0.03865255 H
F-0.410       0 -1.85364562 -5.53968913 -0.03865255 H
F-0.410       0 -1.85362049 -3.47493776 -1.23073778 H
O-OW--0.834000 0 4.66928631 2.47247377 2.95189442 L H-HC 22 0.0000
H-HW-0.417000 0 5.62928631 2.47247377 2.95189442 L
H-HW-0.417000 0 4.34883173 3.37740960 2.95189442 L
O-OW--0.834000 0 -1.84857718 2.93351507 2.43562733 L
H-HW-0.417000 0 -0.88857718 2.93351507 2.43562733 L
H-HW-0.417000 0 -2.16903176 3.83845090 2.43562733 L
O-OW--0.834000 0 -4.77020101 2.88960414 2.06212696 L
H-HW-0.417000 0 -3.81020101 2.88960414 2.06212696 L
H-HW-0.417000 0 -5.09065560 3.79453997 2.06212696 L
O-OW--0.834000 0 -6.62550401 1.37646499 0.99300331 L
H-HW-0.417000 0 -5.66550401 1.37646499 0.99300331 L
H-HW-0.417000 0 -6.94595860 2.28140082 0.99300331 L
O-OW--0.834000 0 -7.02915227 -1.49739091 -0.67162524 L
H-HW-0.417000 0 -6.06915227 -1.49739091 -0.67162524 L
H-HW-0.417000 0 -7.34960686 -0.59245508 -0.67162524 L
O-OW--0.834000 0 -6.37127878 -4.00956101 -2.09696592 L
H-HW-0.417000 0 -5.41127878 -4.00956101 -2.09696592 L
H-HW-0.417000 0 -6.69173337 -3.10462518 -2.09696592 L
O-OW--0.834000 0 -3.86448308 -5.95395527 -2.96402406 L
H-HW-0.417000 0 -2.90448308 -5.95395527 -2.96402406 L
H-HW-0.417000 0 -4.18493767 -5.04901944 -2.96402406 L
O-OW--0.834000 0 0.26073711 -6.16146599 -2.61079208 L
H-HW-0.417000 0 1.22073711 -6.16146599 -2.61079208 L
H-HW-0.417000 0 -0.05971747 -5.25653016 -2.61079208 L
O-OW--0.834000 0 5.37637024 -4.84358262 -1.23594148 L
H-HW-0.417000 0 6.33637024 -4.84358262 -1.23594148 L
H-HW-0.417000 0 5.05591566 -3.93864679 -1.23594148 L
O-OW--0.834000 0 6.43807914 -2.51451379 0.26867686 L
H-HW-0.417000 0 7.39807914 -2.51451379 0.26867686 L
H-HW-0.417000 0 6.11762455 -1.60957796 0.26867686 L
O-OW--0.834000 0 6.61022859 0.58918395 2.01191554 L
H-HW-0.417000 0 7.57022859 0.58918395 2.01191554 L
H-HW-0.417000 0 6.28977400 1.49411978 2.01191554 L
O-OW--0.834000 0 -1.53804287 -5.93444965 2.69241172 L
H-HW-0.417000 0 -0.57804287 -5.93444965 2.69241172 L
H-HW-0.417000 0 -1.85849745 -5.02951382 2.69241172 L
O-OW--0.834000 0 -1.00518557 -3.95019808 4.92633356 L
H-HW-0.417000 0 -0.04518557 -3.95019808 4.92633356 L
H-HW-0.417000 0 -1.32564015 -3.04526225 4.92633356 L
O-OW--0.834000 0 -0.23269794 -0.91994180 5.28809057 L
H-HW-0.417000 0 0.72730206 -0.91994180 5.28809057 L
H-HW-0.417000 0 -0.55315252 -0.01500597 5.28809057 L
O-OW--0.834000 0 0.44288305 1.45231292 4.58124924 L
H-HW-0.417000 0 1.40288305 1.45231292 4.58124924 L
H-HW-0.417000 0 0.12242846 2.35724875 4.58124924 L
O-OW--0.834000 0 1.29406936 4.60891252 -0.51176718 L
H-HW-0.417000 0 2.25406936 4.60891252 -0.51176718 L
H-HW-0.417000 0 0.97361477 5.51384835 -0.51176718 L
O-OW--0.834000 0 0.75004199 2.87777574 -2.01712815 L
H-HW-0.417000 0 1.71004199 2.87777574 -2.01712815 L
H-HW-0.417000 0 0.42958741 3.78271157 -2.01712815 L
O-OW--0.834000 0 -0.13629448 -0.16306408 -4.39579935 L
H-HW-0.417000 0 0.82370552 -0.16306408 -4.39579935 L
H-HW-0.417000 0 -0.45674907 0.74187175 -4.39579935 L
O-OW--0.834000 0 -1.02006211 -3.59989111 -4.88260759 L
H-HW-0.417000 0 -0.06006211 -3.59989111 -4.88260759 L
H-HW-0.417000 0 -1.34051670 -2.69495528 -4.88260759 L
O-OW--0.834000 0 0.01419202 -1.86281466 -2.83293337 L
H-HW-0.417000 0 0.97419202 -1.86281466 -2.83293337 L
H-HW-0.417000 0 -0.30626257 -0.95787883 -2.83293337 L
O-OW--0.834000 0 0.55105420 -4.28412523 -2.24763623 L
H-HW-0.417000 0 1.51105420 -4.28412523 -2.24763623 L
H-HW-0.417000 0 0.23059961 -3.37918939 -2.24763623 L
O-OW--0.834000 0 -2.73207673 0.53443104 -3.04667129 L
H-HW-0.417000 0 -1.77207673 0.53443104 -3.04667129 L
H-HW-0.417000 0 -3.05253131 1.43936687 -3.04667129 L
O-OW--0.834000 0 -3.94561725 -1.20363649 3.71852134 L
H-HW-0.417000 0 -2.98561725 -1.20363649 3.71852134 L
H-HW-0.417000 0 -4.26607184 -0.29870066 3.71852134 L
O-OW--0.834000 0 2.95953505 -6.34863967 -0.28071433 L
H-HW-0.417000 0 3.91953505 -6.34863967 -0.28071433 L
H-HW-0.417000 0 2.63908047 -5.44370384 -0.28071433 L
O-OW--0.834000 0 3.94852913 2.49029035 -2.07639161 L
H-HW-0.417000 0 4.90852913 2.49029035 -2.07639161 L
H-HW-0.417000 0 3.62807455 3.39522619 -2.07639161 L
O-OW--0.834000 0 -4.06817796 2.01441870 -1.74447742 L
H-HW-0.417000 0 -3.10817796 2.01441870 -1.74447742 L
H-HW-0.417000 0 -4.38863255 2.91935453 -1.74447742 L
O-OW--0.834000 0 -6.09090009 2.69566272 -0.79739777 L
H-HW-0.417000 0 -5.13090009 2.69566272 -0.79739777 L
H-HW-0.417000 0 -6.41135468 3.60059855 -0.79739777 L
O-OW--0.834000 0 2.25998194 -4.65976621 3.60228978 L
H-HW-0.417000 0 3.21998194 -4.65976621 3.60228978 L
H-HW-0.417000 0 1.93952736 -3.75483037 3.60228978 L
O-OW--0.834000 0 2.32104831 -2.15509460 -4.75793149 L
H-HW-0.417000 0 3.28104831 -2.15509460 -4.75793149 L
H-HW-0.417000 0 2.00059373 -1.25015877 -4.75793149 L
O-OW--0.834000 0 -0.67188583 4.47129536 1.69849463 L
H-HW-0.417000 0 0.28811417 4.47129536 1.69849463 L
H-HW-0.417000 0 -0.99234042 5.37623119 1.69849463 L
O-OW--0.834000 0 -4.50700869 -6.75673650 1.41905693 L
H-HW-0.417000 0 -3.54700869 -6.75673650 1.41905693 L
H-HW-0.417000 0 -4.82746328 -5.85180067 1.41905693 L
O-OW--0.834000 0 -3.92848943 -3.86788187 -5.00819201 L
H-HW-0.417000 0 -2.96848943 -3.86788187 -5.00819201 L
H-HW-0.417000 0 -4.24894401 -2.96294604 -5.00819201 L
O-OW--0.834000 0 5.08289743 -0.61443369 5.78960265 L
H-HW-0.417000 0 6.04289743 -0.61443369 5.78960265 L
H-HW-0.417000 0 4.76244285 0.29050214 5.78960265 L

1 2 2.0 4 1.0 5 1.0
2 6 1.0 8 1.0
3 4 1.5 7 1.0 8 1.5
4 12 1.0
5
6
7
8 9 1.0
9 10 1.0 11 1.0 16 1.0
10
11
12 13 1.0 14 1.0 15 1.0
13
14
15
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17
18
19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
20
21
22 23 1.0 24 1.0 25 1.0
23
24
25
26 27 1.0
27 28 1.0
28
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0 33 1.0
30
31
32
33
34 35 1.0 36 1.0
35
36
37 38 1.0 39 1.0
38
39
40 41 1.0 42 1.0
41
42
43 44 1.0 45 1.0
44
45
46 47 1.0 48 1.0
47
48
49 50 1.0 51 1.0
50
51
52 53 1.0 54 1.0
53
54
55 56 1.0 57 1.0
56
57
58 59 1.0 60 1.0
59
60
61 62 1.0 63 1.0
62
63
64 65 1.0 66 1.0
65
66
67 68 1.0 69 1.0
68
69
70 71 1.0 72 1.0
71
72
73 74 1.0 75 1.0
74
75
76 77 1.0 78 1.0
77
78
79 80 1.0 81 1.0
80
81
82 83 1.0 84 1.0
83
84
85 86 1.0 87 1.0
86
87
88 89 1.0 90 1.0
89
90
91 92 1.0 93 1.0
92
93
94 95 1.0 96 1.0
95
96
97 98 1.0 99 1.0
98
99
100 101 1.0 102 1.0
101
102
103 104 1.0 105 1.0
104
105
106 107 1.0 108 1.0
107
108
109 110 1.0 111 1.0
110
111
112 113 1.0 114 1.0
113
114
115 116 1.0 117 1.0
116
117
118 119 1.0 120 1.0
119
120
121 122 1.0 123 1.0
122
123
124 125 1.0 126 1.0
125
126
127 128 1.0 129 1.0
128
129
由于是新手，所以不是很懂，望各位大侠多多指点！谢谢！

回复此楼

» 猜你喜欢

华南师范大学先进光电子研究院电子纸团队诚聘2026级博士研究生已经有0人回复
QE利用声子计算的一系列lambda和Tc如何选已经有8人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有55人回复
PbS量子点紫外吸收已经有0人回复
理论计算合作已经有2人回复
小木虫的论文辅导靠谱吗？有没有用过的同学？已经有1人回复
QE计算声子ph.out的Γ点出现虚频（-30cm-1）vasp计算没有已经有0人回复
40-50万/年，中国散裂中子源诚聘计算模拟方向博士后已经有81人回复
比利时鲁汶大学与国家留学基金委共同资助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship 已经有0人回复
书籍求助：汽车市场营销理论与实务（电子版）——章小平已经有0人回复

1楼2009-09-16 17:26:58

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 5.372
金币: 9933.4
散金: 752
红花: 2
帖子: 2248
在线: 241.5小时
虫号: 415302
注册: 2007-06-28
性别: GG
专业: 计算化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

把出错的信息拿出来，呵呵，也许有人会

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2009-09-17 10:02:41

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhaoyuling

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 998.7
帖子: 173
在线: 78.1小时
虫号: 408532
注册: 2007-06-21
性别: MM
专业: 理论和计算化学

好的，谢谢

回复此楼

3楼2009-09-17 14:54:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhaoyuling

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 998.7
帖子: 173
在线: 78.1小时
虫号: 408532
注册: 2007-06-21
性别: MM
专业: 理论和计算化学

1.最开始没有添加悬挂原子的时候是说缺少原子参数，后来添加悬挂原子
就是上面的输入文件，这个文件的报错是MM function not complete。
2.今天我试着把amber 力场换成uff力场，结果在算了半小时之后出现这样的错误： Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g09/l103.exe
望各位高手多多指点！

[ Last edited by zhaoyuling on 2009-9-17 at 15:12 ]

赞一下

回复此楼

4楼2009-09-17 15:08:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

本帖内容被屏蔽

5楼2009-09-17 19:40:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 zhaoyuling 的主题更新

返回列表