应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】gaussian 中oniom如何设置
51/1返回列表
查看: 764  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

zhaoyuling

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gaussian 中oniom如何设置

用gaussian计算，采用oniom模型，但一直报错，缺少原子参数，我的input文件如下：%chk=2layer3.chk
%mem=128MW
%nprocshared=4
# opt oniom(b3lyp/sto-3g:amber)

3

0 1 0 2 0 2
C-CV--0.094000   0   -2.23654200    1.20363900    0.22320900 H
C-CV--0.062000   0   -0.89294800    1.34761700    0.03032600 H
C-CK--0.024000   0   -1.40426800   -0.77038800   -0.30985300 H
N-N*--0.090000   0   -2.53765700   -0.12870200    0.00638400 H
H-H4-0.259000    0   -2.99412800    1.92610700    0.48749900 H
H-H4-0.259000    0   -0.26202000    2.22093200    0.09730600 H
H-H5-0.265000    0   -1.32352400   -1.82309600   -0.53764300 H
N-N*--0.148000   0   -0.39044700    0.10341800   -0.30423000 H
C-CT--0.580000   0    1.03386500   -0.21796400   -0.56600300 H
H-H1-0.255000    0    1.39877700    0.53279200   -1.27116200 H
H-H1-0.230000    0    1.04898000   -1.18644100   -1.07432400 H
C-CT--0.348000   0   -3.87548200   -0.73301200    0.09737400 H
H-H1-0.269000    0   -4.26554900   -0.60075500    1.10879700 H
H-H1-0.270000    0   -4.53974000   -0.25614400   -0.62655100 H
H-H1-0.242000    0   -3.79893600   -1.79768700   -0.12611900 H
C-CT--0.108000   0    1.86833900   -0.25528900    0.72026100 H
H-HC-0.221000    0    1.82797200    0.72676900    1.21055600 H
H-HC-0.217000    0    1.41507000   -0.97699800    1.41227500 H
C-CT--0.448000   0    3.33650300   -0.64112100    0.45949700 H
H-HC-0.226000    0    3.81909500   -0.76731400    1.43588700 H
H-HC-0.209000    0    3.37386500   -1.62683400   -0.02526400 H
C-CT--0.657000   0    4.13009100    0.37956900   -0.36674800 H
H-HC-0.230000    0    5.18129300    0.08130700   -0.43496800 H
H-HC-0.195000    0    3.75791100    0.47140700   -1.39462200 H
H-HC-0.214000    0    4.10031000    1.37463900    0.09487400 H
Na-0.871         0    2.90854900   -3.57197175   -0.03086612 H
O-1.313          0    0.84887333   -3.57216657    0.00568620 H
H-0.442          0   -0.11097553   -3.57225736    0.02272029 H
B-0.640          0   -2.34029558   -4.16318202   -0.03865255 H
F-0.410          0   -1.85362049   -3.47493776    1.15343268 H
F-0.410          0   -3.80029558   -4.16316403   -0.03865255 H
F-0.410          0   -1.85364562   -5.53968913   -0.03865255 H
F-0.410          0   -1.85362049   -3.47493776   -1.23073778 H
O-OW--0.834000   0    4.66928631    2.47247377    2.95189442 L H-HC 22 0.0000
H-HW-0.417000    0    5.62928631    2.47247377    2.95189442 L
H-HW-0.417000    0    4.34883173    3.37740960    2.95189442 L
O-OW--0.834000   0   -1.84857718    2.93351507    2.43562733 L
H-HW-0.417000    0   -0.88857718    2.93351507    2.43562733 L
H-HW-0.417000    0   -2.16903176    3.83845090    2.43562733 L
O-OW--0.834000   0   -4.77020101    2.88960414    2.06212696 L
H-HW-0.417000    0   -3.81020101    2.88960414    2.06212696 L
H-HW-0.417000    0   -5.09065560    3.79453997    2.06212696 L
O-OW--0.834000   0   -6.62550401    1.37646499    0.99300331 L
H-HW-0.417000    0   -5.66550401    1.37646499    0.99300331 L
H-HW-0.417000    0   -6.94595860    2.28140082    0.99300331 L
O-OW--0.834000   0   -7.02915227   -1.49739091   -0.67162524 L
H-HW-0.417000    0   -6.06915227   -1.49739091   -0.67162524 L
H-HW-0.417000    0   -7.34960686   -0.59245508   -0.67162524 L
O-OW--0.834000   0   -6.37127878   -4.00956101   -2.09696592 L
H-HW-0.417000    0   -5.41127878   -4.00956101   -2.09696592 L
H-HW-0.417000    0   -6.69173337   -3.10462518   -2.09696592 L
O-OW--0.834000   0   -3.86448308   -5.95395527   -2.96402406 L
H-HW-0.417000    0   -2.90448308   -5.95395527   -2.96402406 L
H-HW-0.417000    0   -4.18493767   -5.04901944   -2.96402406 L
O-OW--0.834000   0    0.26073711   -6.16146599   -2.61079208 L
H-HW-0.417000    0    1.22073711   -6.16146599   -2.61079208 L
H-HW-0.417000    0   -0.05971747   -5.25653016   -2.61079208 L
O-OW--0.834000   0    5.37637024   -4.84358262   -1.23594148 L
H-HW-0.417000    0    6.33637024   -4.84358262   -1.23594148 L
H-HW-0.417000    0    5.05591566   -3.93864679   -1.23594148 L
O-OW--0.834000   0    6.43807914   -2.51451379    0.26867686 L
H-HW-0.417000    0    7.39807914   -2.51451379    0.26867686 L
H-HW-0.417000    0    6.11762455   -1.60957796    0.26867686 L
O-OW--0.834000   0    6.61022859    0.58918395    2.01191554 L
H-HW-0.417000    0    7.57022859    0.58918395    2.01191554 L
H-HW-0.417000    0    6.28977400    1.49411978    2.01191554 L
O-OW--0.834000   0   -1.53804287   -5.93444965    2.69241172 L
H-HW-0.417000    0   -0.57804287   -5.93444965    2.69241172 L
H-HW-0.417000    0   -1.85849745   -5.02951382    2.69241172 L
O-OW--0.834000   0   -1.00518557   -3.95019808    4.92633356 L
H-HW-0.417000    0   -0.04518557   -3.95019808    4.92633356 L
H-HW-0.417000    0   -1.32564015   -3.04526225    4.92633356 L
O-OW--0.834000   0   -0.23269794   -0.91994180    5.28809057 L
H-HW-0.417000    0    0.72730206   -0.91994180    5.28809057 L
H-HW-0.417000    0   -0.55315252   -0.01500597    5.28809057 L
O-OW--0.834000   0    0.44288305    1.45231292    4.58124924 L
H-HW-0.417000    0    1.40288305    1.45231292    4.58124924 L
H-HW-0.417000    0    0.12242846    2.35724875    4.58124924 L
O-OW--0.834000   0    1.29406936    4.60891252   -0.51176718 L
H-HW-0.417000    0    2.25406936    4.60891252   -0.51176718 L
H-HW-0.417000    0    0.97361477    5.51384835   -0.51176718 L
O-OW--0.834000   0    0.75004199    2.87777574   -2.01712815 L
H-HW-0.417000    0    1.71004199    2.87777574   -2.01712815 L
H-HW-0.417000    0    0.42958741    3.78271157   -2.01712815 L
O-OW--0.834000   0   -0.13629448   -0.16306408   -4.39579935 L
H-HW-0.417000    0    0.82370552   -0.16306408   -4.39579935 L
H-HW-0.417000    0   -0.45674907    0.74187175   -4.39579935 L
O-OW--0.834000   0   -1.02006211   -3.59989111   -4.88260759 L
H-HW-0.417000    0   -0.06006211   -3.59989111   -4.88260759 L
H-HW-0.417000    0   -1.34051670   -2.69495528   -4.88260759 L
O-OW--0.834000   0    0.01419202   -1.86281466   -2.83293337 L
H-HW-0.417000    0    0.97419202   -1.86281466   -2.83293337 L
H-HW-0.417000    0   -0.30626257   -0.95787883   -2.83293337 L
O-OW--0.834000   0    0.55105420   -4.28412523   -2.24763623 L
H-HW-0.417000    0    1.51105420   -4.28412523   -2.24763623 L
H-HW-0.417000    0    0.23059961   -3.37918939   -2.24763623 L
O-OW--0.834000   0   -2.73207673    0.53443104   -3.04667129 L
H-HW-0.417000    0   -1.77207673    0.53443104   -3.04667129 L
H-HW-0.417000    0   -3.05253131    1.43936687   -3.04667129 L
O-OW--0.834000   0   -3.94561725   -1.20363649    3.71852134 L
H-HW-0.417000    0   -2.98561725   -1.20363649    3.71852134 L
H-HW-0.417000    0   -4.26607184   -0.29870066    3.71852134 L
O-OW--0.834000   0    2.95953505   -6.34863967   -0.28071433 L
H-HW-0.417000    0    3.91953505   -6.34863967   -0.28071433 L
H-HW-0.417000    0    2.63908047   -5.44370384   -0.28071433 L
O-OW--0.834000   0    3.94852913    2.49029035   -2.07639161 L
H-HW-0.417000    0    4.90852913    2.49029035   -2.07639161 L
H-HW-0.417000    0    3.62807455    3.39522619   -2.07639161 L
O-OW--0.834000   0   -4.06817796    2.01441870   -1.74447742 L
H-HW-0.417000    0   -3.10817796    2.01441870   -1.74447742 L
H-HW-0.417000    0   -4.38863255    2.91935453   -1.74447742 L
O-OW--0.834000   0   -6.09090009    2.69566272   -0.79739777 L
H-HW-0.417000    0   -5.13090009    2.69566272   -0.79739777 L
H-HW-0.417000    0   -6.41135468    3.60059855   -0.79739777 L
O-OW--0.834000   0    2.25998194   -4.65976621    3.60228978 L
H-HW-0.417000    0    3.21998194   -4.65976621    3.60228978 L
H-HW-0.417000    0    1.93952736   -3.75483037    3.60228978 L
O-OW--0.834000   0    2.32104831   -2.15509460   -4.75793149 L
H-HW-0.417000    0    3.28104831   -2.15509460   -4.75793149 L
H-HW-0.417000    0    2.00059373   -1.25015877   -4.75793149 L
O-OW--0.834000   0   -0.67188583    4.47129536    1.69849463 L
H-HW-0.417000    0    0.28811417    4.47129536    1.69849463 L
H-HW-0.417000    0   -0.99234042    5.37623119    1.69849463 L
O-OW--0.834000   0   -4.50700869   -6.75673650    1.41905693 L
H-HW-0.417000    0   -3.54700869   -6.75673650    1.41905693 L
H-HW-0.417000    0   -4.82746328   -5.85180067    1.41905693 L
O-OW--0.834000   0   -3.92848943   -3.86788187   -5.00819201 L
H-HW-0.417000    0   -2.96848943   -3.86788187   -5.00819201 L
H-HW-0.417000    0   -4.24894401   -2.96294604   -5.00819201 L
O-OW--0.834000   0    5.08289743   -0.61443369    5.78960265 L
H-HW-0.417000    0    6.04289743   -0.61443369    5.78960265 L
H-HW-0.417000    0    4.76244285    0.29050214    5.78960265 L

1 2 2.0 4 1.0 5 1.0
2 6 1.0 8 1.0
3 4 1.5 7 1.0 8 1.5
4 12 1.0
5
6
7
8 9 1.0
9 10 1.0 11 1.0 16 1.0
10
11
12 13 1.0 14 1.0 15 1.0
13
14
15
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17
18
19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
20
21
22 23 1.0 24 1.0 25 1.0
23
24
25
26 27 1.0
27 28 1.0
28
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0 33 1.0
30
31
32
33
34 35 1.0 36 1.0
35
36
37 38 1.0 39 1.0
38
39
40 41 1.0 42 1.0
41
42
43 44 1.0 45 1.0
44
45
46 47 1.0 48 1.0
47
48
49 50 1.0 51 1.0
50
51
52 53 1.0 54 1.0
53
54
55 56 1.0 57 1.0
56
57
58 59 1.0 60 1.0
59
60
61 62 1.0 63 1.0
62
63
64 65 1.0 66 1.0
65
66
67 68 1.0 69 1.0
68
69
70 71 1.0 72 1.0
71
72
73 74 1.0 75 1.0
74
75
76 77 1.0 78 1.0
77
78
79 80 1.0 81 1.0
80
81
82 83 1.0 84 1.0
83
84
85 86 1.0 87 1.0
86
87
88 89 1.0 90 1.0
89
90
91 92 1.0 93 1.0
92
93
94 95 1.0 96 1.0
95
96
97 98 1.0 99 1.0
98
99
100 101 1.0 102 1.0
101
102
103 104 1.0 105 1.0
104
105
106 107 1.0 108 1.0
107
108
109 110 1.0 111 1.0
110
111
112 113 1.0 114 1.0
113
114
115 116 1.0 117 1.0
116
117
118 119 1.0 120 1.0
119
120
121 122 1.0 123 1.0
122
123
124 125 1.0 126 1.0
125
126
127 128 1.0 129 1.0
128
129
由于是新手，所以不是很懂，望各位大侠多多指点！谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-09-16 17:26:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
把出错的信息拿出来，呵呵，也许有人会
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2009-09-17 10:02:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyuling

金虫 (小有名气)
好的，谢谢
回复此楼
3楼2009-09-17 14:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyuling

金虫 (小有名气)
1.最开始没有添加悬挂原子的时候是说缺少原子参数，后来添加悬挂原子
就是上面的输入文件，这个文件的报错是MM function not complete。
2.今天我试着把amber 力场换成uff力场，结果在算了半小时之后出现这样的错误： Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g09/l103.exe
望各位高手多多指点！

[ Last edited by zhaoyuling on 2009-9-17 at 15:12 ]
赞一下 回复此楼
4楼2009-09-17 15:08:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
5楼2009-09-17 19:40:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhaoyuling 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 CyTWnZiM0cS6 2026-08-02 3/150 2026-08-02 20:43 by 3VGOm6paSgqv
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 9/450 2026-08-02 20:32 by 3VGOm6paSgqv
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 5/250 2026-08-02 20:31 by 3VGOm6paSgqv
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 6/300 2026-08-02 20:21 by 3VGOm6paSgqv
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 12/600 2026-08-02 20:21 by drbart
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 9/450 2026-08-02 20:18 by 3VGOm6paSgqv
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 6/300 2026-08-02 20:14 by 3VGOm6paSgqv
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 10/500 2026-08-02 20:12 by 3VGOm6paSgqv
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 11/550 2026-08-02 20:11 by 3VGOm6paSgqv
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +11 archvillain 2026-08-02 13/650 2026-08-02 20:09 by symmetry
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 10/500 2026-08-02 20:03 by 3VGOm6paSgqv
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 17/850 2026-08-02 19:54 by 3VGOm6paSgqv
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 19:54 by 3VGOm6paSgqv
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:44 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:24 by ca3DVAx4OB19
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 10/500 2026-08-02 10:00 by 锦衣卫寒战
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 7/350 2026-08-02 07:59 by 88817753
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭