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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3过渡态搜索出现多个虚频，如何消除多余虚频？
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QMMM萌

新虫 (初入文坛)

[交流] Dmol3过渡态搜索出现多个虚频，如何消除多余虚频？ 已有4人参与

我的操作步骤是，把ts search计算完成后输出的xsd文件双击为激活状态，点击频率分析，分析出两个虚频（一个-400一个-200）和很多正频率，鼠标选中数值最小的正频率（数值为20，不是双击显示动画，是单击选中），然后打开Dmol3 calculation，选择TS Optimization，点击Run按钮。
1.请问大家，我的操作是否有出错或者遗漏之处？
2.在分析频率后，是否应该选中应保留的虚频？而不是最小的正频率呢？

Dmol3过渡态搜索出现多个虚频，如何消除多余虚频？


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养生丸子头

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1楼 2022-11-17 16:23:58
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EsperanzaM

银虫 (小有名气)
★
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刚开始用MS，请问有两个反应物如何搜索过渡态
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2楼2022-12-26 17:07:26
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QMMM萌

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by EsperanzaM at 2022-12-26 17:07:26
刚开始用MS，请问有两个反应物如何搜索过渡态

把反应物和产物的模型点开，点reaction preview反应预览，点match匹配，反应物和产物模型里的原子一一对应，然后点击预览preview，生成一个路径文件可以看到反应的动画，点击保存，对这个路径文件点dmol3 calculation，任务选过渡态搜索，参数自己设置

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3楼2023-01-03 17:13:23
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QMMM萌

新虫 (初入文坛)
这种基础操作哔哩哔哩很多视频

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4楼2023-01-03 17:13:55
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686810WQ

禁虫 (初入文坛)
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nono2009: 金币-50, 屏蔽内容, 违规存档, 禁止留电话、微信、QQ、邮箱等联系方式 2023-01-11 12:02:57
本帖内容被屏蔽
5楼2023-01-04 15:17:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★
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一般是跟踪那个沿着反应方向的虚频，使得虚频贡献的模式能量朝上爬，其他方向向下。对你的体系可能要双击那个-161.81 cm^-1的，之后会出现对应频率的振动轨迹，你可以检查这个轨迹的振动方向是否是沿着反应的，实际上做后续TS opt就是follow这个模式。

此前步骤当然尽可能猜测合理的过渡态构型或是通过TS search（LST/QST）或是NEB方法得到初步过渡态为好。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2023-01-05 13:20:43
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养生丸子头

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2023-01-05 13:20:43
一般是跟踪那个沿着反应方向的虚频，使得虚频贡献的模式能量朝上爬，其他方向向下。对你的体系可能要双击那个-161.81 cm^-1的，之后会出现对应频率的振动轨迹，你可以检查这个轨迹的振动方向是否是沿着反应的，实际 ...

您好，请问TS opt后，想要的虚频被优化没了，优化后得到的虚频跟反应方向不一样应该怎么办呢？
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7楼2023-01-15 21:43:09
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养生丸子头

新虫 (初入文坛)
★
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送红花一朵
请问楼主，您的疑问解决了吗，是不是应该鼠标选中数值最大的虚频（也就是最符合设想的反应路径的虚频），然后打开Dmol3 calculation，选择TS Optimization，点击Run按钮呢？
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8楼2023-03-06 10:56:04
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