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QMMM萌

新虫 (初入文坛)

[交流] Dmol3过渡态搜索出现多个虚频,如何消除多余虚频? 已有4人参与

我的操作步骤是,把ts search计算完成后输出的xsd文件双击为激活状态,点击频率分析,分析出两个虚频(一个-400一个-200)和很多正频率,鼠标选中数值最小的正频率(数值为20,不是双击显示动画,是单击选中),然后打开Dmol3 calculation,选择TS Optimization,点击Run按钮。
1.请问大家,我的操作是否有出错或者遗漏之处?
2.在分析频率后,是否应该选中应保留的虚频?而不是最小的正频率呢?

Dmol3过渡态搜索出现多个虚频,如何消除多余虚频?


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EsperanzaM

银虫 (小有名气)


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刚开始用MS,请问有两个反应物如何搜索过渡态
2楼2022-12-26 17:07:26
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QMMM萌

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by EsperanzaM at 2022-12-26 17:07:26
刚开始用MS,请问有两个反应物如何搜索过渡态

把反应物和产物的模型点开,点reaction preview反应预览,点match匹配,反应物和产物模型里的原子一一对应,然后点击预览preview,生成一个路径文件可以看到反应的动画,点击保存,对这个路径文件点dmol3 calculation,任务选过渡态搜索,参数自己设置

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3楼2023-01-03 17:13:23
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QMMM萌

新虫 (初入文坛)

这种基础操作哔哩哔哩很多视频

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4楼2023-01-03 17:13:55
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686810WQ

禁虫 (初入文坛)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
nono2009: 金币-50, 屏蔽内容, 违规存档, 禁止留电话、微信、QQ、邮箱等联系方式 2023-01-11 12:02:57
本帖内容被屏蔽

5楼2023-01-04 15:17:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur


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一般是跟踪那个沿着反应方向的虚频,使得虚频贡献的模式能量朝上爬,其他方向向下。对你的体系可能要双击那个-161.81 cm^-1的,之后会出现对应频率的振动轨迹,你可以检查这个轨迹的振动方向是否是沿着反应的,实际上做后续TS opt就是follow这个模式。

此前步骤当然尽可能猜测合理的过渡态构型或是通过TS search(LST/QST)或是NEB方法得到初步过渡态为好。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2023-01-05 13:20:43
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养生丸子头

新虫 (初入文坛)


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引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2023-01-05 13:20:43
一般是跟踪那个沿着反应方向的虚频,使得虚频贡献的模式能量朝上爬,其他方向向下。对你的体系可能要双击那个-161.81 cm^-1的,之后会出现对应频率的振动轨迹,你可以检查这个轨迹的振动方向是否是沿着反应的,实际 ...

您好,请问TS opt后,想要的虚频被优化没了,优化后得到的虚频跟反应方向不一样应该怎么办呢?
7楼2023-01-15 21:43:09
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养生丸子头

新虫 (初入文坛)


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送红花一朵
请问楼主,您的疑问解决了吗,是不是应该鼠标选中数值最大的虚频(也就是最符合设想的反应路径的虚频),然后打开Dmol3 calculation,选择TS Optimization,点击Run按钮呢?
8楼2023-03-06 10:56:04
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