24小时热门版块排行榜    

查看: 1905  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

QMMM萌

新虫 (初入文坛)

[交流] Dmol3过渡态搜索出现多个虚频,如何消除多余虚频? 已有4人参与

我的操作步骤是,把ts search计算完成后输出的xsd文件双击为激活状态,点击频率分析,分析出两个虚频(一个-400一个-200)和很多正频率,鼠标选中数值最小的正频率(数值为20,不是双击显示动画,是单击选中),然后打开Dmol3 calculation,选择TS Optimization,点击Run按钮。
1.请问大家,我的操作是否有出错或者遗漏之处?
2.在分析频率后,是否应该选中应保留的虚频?而不是最小的正频率呢?

Dmol3过渡态搜索出现多个虚频,如何消除多余虚频?


发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

养生丸子头

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
请问楼主,您的疑问解决了吗,是不是应该鼠标选中数值最大的虚频(也就是最符合设想的反应路径的虚频),然后打开Dmol3 calculation,选择TS Optimization,点击Run按钮呢?
8楼2023-03-06 10:56:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

EsperanzaM

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
刚开始用MS,请问有两个反应物如何搜索过渡态
2楼2022-12-26 17:07:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

QMMM萌

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by EsperanzaM at 2022-12-26 17:07:26
刚开始用MS,请问有两个反应物如何搜索过渡态

把反应物和产物的模型点开,点reaction preview反应预览,点match匹配,反应物和产物模型里的原子一一对应,然后点击预览preview,生成一个路径文件可以看到反应的动画,点击保存,对这个路径文件点dmol3 calculation,任务选过渡态搜索,参数自己设置

发自小木虫Android客户端
3楼2023-01-03 17:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

QMMM萌

新虫 (初入文坛)

这种基础操作哔哩哔哩很多视频

发自小木虫Android客户端
4楼2023-01-03 17:13:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 420求调剂 +3 莫向外求11 2026-03-10 3/150 2026-03-11 05:03 by 暖阳芬芳
[考研] 313求调剂 +4 一朵人头 2026-03-04 4/200 2026-03-10 23:05 by Equinoxhua
[考研] 327求调剂 +3 Ffff03 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:30 by macy2011
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-08 7/350 2026-03-10 18:25 by 清风月
[考研] 环境调剂 +5 晓看天暮看云 2026-03-09 5/250 2026-03-10 10:46 by 星空星月
[考研] 0832食品科学与工程293调剂 +3 东东不東 2026-03-07 3/150 2026-03-09 15:58 by ls_13456
[考研] 070300化学求调剂 +5 扑风铃的猫 2026-03-08 10/500 2026-03-09 13:58 by macy2011
[考研] 0703化学求调剂 +4 很老实人 2026-03-09 4/200 2026-03-09 13:38 by macy2011
[考研] 材料工程330分求调剂,一志愿985 +3 小材化本科 2026-03-07 3/150 2026-03-09 05:35 by houyaoxu
[考博] 26年博士申请 +4 科研狗111 2026-03-07 4/200 2026-03-08 21:56 by 0611517sll
[考研] 求调剂 +3 拾柒12。 2026-03-08 3/150 2026-03-08 17:33 by bingxueer79
[考研] 347求调剂 +4 浮云满足 2026-03-07 4/200 2026-03-08 16:46 by 星空星月
[考研] 材料调剂 +10 ounce. 2026-03-04 12/600 2026-03-07 09:14 by Mornach1988
[考研] 求调剂 +5 danyyyy 2026-03-04 5/250 2026-03-06 08:16 by Leeding1356
[考研] 282求调剂 +7 夕~日 2026-03-05 8/400 2026-03-05 21:31 by zzpnuli111
[考研] 求调剂,学校研究所都可以,材料与化工267分 +6 wmx1 2026-03-05 6/300 2026-03-05 20:01 by houyaoxu
[考研] 085602 293分求调剂 +3 SivanNano. 2026-03-05 3/150 2026-03-05 19:41 by caszguilin
[考研] 材料调剂 +4 L9370 2026-03-05 4/200 2026-03-05 19:36 by caszguilin
[考研] 286 +6 ksncj 2026-03-04 6/300 2026-03-04 20:49 by lature00
[考研] 307求调剂 +4 xuyuan111 2026-03-04 5/250 2026-03-04 20:39 by kakakapanpan
信息提示
请填处理意见