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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 【求助】不用gv等软件画CO2的HOMO
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powerful77

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】不用gv等软件画CO2的HOMO

现已经采用3-21G基组计算得到CO2的HOMO, 由于我想得到分子轨道波函数的具体值所以不能用gv等软件。那么由计算果HOMO应该是:
0.36823*第一个氧的2PY轨道+0.44979*第一个氧的3PY轨道-0.36823第二个氧的2PY轨道-0.44979*第二个氧的3PY轨道。
那么现在就需要知道氧在3-21G基组下的2PY和3PY轨道，那么这些具体值可以到哪里去找呢？

                                  11         12          13           14            15
                              (PIG)--O  (PIU)--V  (PIU)--V  (SGG)--V  (SGU)--V
EIGENVALUES --  -0.51585   0.13583   0.13583   0.22990   0.68522
   1 1   C  1S         0.00000   0.00000   0.00000  -0.13819   0.00000
   2        2S           0.00000   0.00000   0.00000  -0.00031   0.00000
   3        2PX         0.00000   0.00000   0.46934   0.00000   0.00000
   4        2PY         0.00000   0.46934   0.00000   0.00000   0.00000
   5        2PZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000  -0.02926
   6        3S           0.00000   0.00000   0.00000   1.59057   0.00000
   7        3PX         0.00000   0.00000   0.66656   0.00000   0.00000
   8        3PY         0.00000   0.66656   0.00000   0.00000   0.00000
   9        3PZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   2.88905
  10 2   O  1S       0.00000   0.00000   0.00000   0.07537   0.11154
  11        2S          0.00000   0.00000   0.00000  -0.05164  -0.03222
  12        2PX        0.00000   0.00000  -0.26811   0.00000   0.00000
  13        2PY        0.36823  -0.26811   0.00000   0.00000   0.00000
  14        2PZ        0.00000   0.00000   0.00000   0.28155   0.02754
  15        3S          0.00000   0.00000   0.00000  -0.61727  -1.74799
  16        3PX        0.00000   0.00000  -0.40972   0.00000   0.00000
  17        3PY        0.44979  -0.40972   0.00000   0.00000   0.00000
  18        3PZ        0.00000   0.00000   0.00000   0.56399   0.65528
  19 3   O  1S       0.00000   0.00000   0.00000   0.07537  -0.11154
  20        2S          0.00000   0.00000   0.00000  -0.05164   0.03222
  21        2PX        0.00000   0.00000  -0.26811   0.00000   0.00000
  22        2PY       -0.36823  -0.26811   0.00000   0.00000   0.00000
  23        2PZ        0.00000   0.00000   0.00000  -0.28155   0.02754
  24        3S          0.00000   0.00000   0.00000  -0.61727   1.74799
  25        3PX        0.00000   0.00000  -0.40972   0.00000   0.00000
  26        3PY       -0.44979  -0.40972   0.00000   0.00000   0.00000
  27        3PZ        0.00000   0.00000   0.00000  -0.56399   0.65528

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 15:28 ]
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1楼 2009-09-15 10:59:21
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powerful77

铁虫 (初入文坛)
没有人知道吗？
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2楼2009-09-16 14:26:50
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
powerful77(金币+2,VIP+0):很感谢你参加讨论，最近我一直头疼着个问题，还希望能继续向你请教 9-16 17:24
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 9-18 10:56
你的问题不够明确,所以匆匆而过的人不能回答：

1、        你标题说“不用gv等软件画CO2的HOMO”，是个画HOMO图的问题。
这可以用cubegen作这HOMO的空间格点文件，用gsgrid程序作一个HOMO的截面，在sigmaplot中就可以作出HOMO的等值线图来。
为了理解你的提问，我也算了一下CO2，你的这个HOMO，应是在安排两个O的孤对电子（部分），且二O的孤对电子是相位相反的，体现二O的孤对电子是排斥的。但不是反键轨道，因为中间有C隔开了，相距甚远。

2、你说：我想得到分子轨道波函数的具体值。什么具体值？分子轨道的能级值、波函数系数值不是都有了吗？

3、说需要知道氧在3-21G基组下的2PY和3PY轨道这些具体值，是指这些原子的轨道的值吗？一个原子的轨道，它占有一个电子时的能级值是可算的，但在分子中，只是给它分配了系数，且这系数还不是归一的，是一些分数，这时的2PY和3PY是没有具体值可输出的。
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3楼2009-09-16 15:32:45
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powerful77

铁虫 (初入文坛)
非常感谢你的回答，你的回答使我受益匪浅。我所说的波函数具体值是指gauss计算后，假设HOMO的波函数是Ψ，我怎么知道Ψ(x,y,z)的值,x,y,z是笛卡尔空间坐标，而且x,y,z可以在空间内任取。

因此我原来的猜想是从高斯的out文件中，对于CO2我只能看出HOMO主要是由，2氧的2Py，3Py轨道贡献，因此我猜测如果知道氧的2py设为Ψ1，3py设为Ψ2，

[ Last edited by powerful77 on 2009-9-17 at 10:49 ]
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4楼2009-09-16 17:22:29
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★
powerful77(金币+2,VIP+0):谢谢！ 9-16 22:02
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 9-18 10:56
用cubegen获取HOMO的空间格点文件，获取后应能把数据导入fortran,matlab之类.

这个HOMO空间各点的密度可以自己取，比如，沿x轴1埃取10个点，y轴1埃取5个点，z轴1埃取3个点。
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5楼2009-09-16 17:54:45
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 9-18 10:56
用cubegen获取HOMO的空间格点文件，就是Ψ(x,y,z)的值,x,y,z是笛卡尔空间坐标，而且x,y,z可以在空间内任取。
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6楼2009-09-18 08:28:12
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zlding

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):都在期待 9-18 10:57
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-9-16 17:54:
用cubegen获取HOMO的空间格点文件，获取后应能把数据导入fortran,matlab之类.

这个HOMO空间各点的密度可以自己取，比如，沿x轴1埃取10个点，y轴1埃取5个点，z轴1埃取3个点。

zhou不是准备编写一个gsgrid的详细教程的吗？不知道现在这个出台了没有，呵呵大家都在期待呢。
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7楼2009-09-18 08:42:02
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):都在期待中，偶代表各位虫子欢迎！ 9-18 10:58
gsgrid的教程已基本写出,尚未出台,修改中.

特别是正着手写一组帖子,gsgrid的教程暂时放下了.

还有别的考虑.（已发电邮给你,163的地址不对,邮件退回）

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-18 at 13:47 ]
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8楼2009-09-18 08:57:15
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powerful77

铁虫 (初入文坛)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-18 22:42
问题解决了。谢谢！

我还有一个问题，得到HOMO的波函数Ψ(x,y,z)后，模平方积分后不归一，这如何解释呢？
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-9-18 08:57:
gsgrid的教程已基本写出,尚未出台,修改中.

特别是正着手写一组帖子,gsgrid的教程暂时放下了.

还有别的考虑.（已发电邮给你,163的地址不对,邮件退回）

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-18 at 13:47 ...

[ Last edited by powerful77 on 2009-9-19 at 10:52 ]
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9楼2009-09-18 21:51:32
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 9-19 09:31
关于你问:"得到HOMO的波函数Ψ(x,y,z)后，模平方积分后不归一，这如何解释呢？"

HOMO的波函数Ψ(x,y,z)的不归一是GS的一种数学处理方法，我觉得不必去解释。

如果要求平方作电子密度，可由cubegen得到Ψ(x,y,z)后，你已经运行了gsgrid选择了截面，可以再次读入数据到gsgrid，对所有的点作平方，即将Ψ(x,y,z)平方得到电子密度了。它是每一个格点电子出现的概率。它可以作出等值线图来表示。即是HOMO的电子密度图，反映了电子在空间的分布形象。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-19 at 08:51 ]
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10楼2009-09-19 08:49:50
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