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xihanlianz

银虫 (正式写手)

[交流] 为什么ISSR引物PCR扩增后条带少

请教大家,以下是我用ISSR引物扩增DNA的实验。实验目的是用温度梯度筛选最佳退火温度。生工给的Tm是53.18.图中第五条是Marker,除此之外,从1到10泳道的温度分别为45.5,46.3,47.7,49.4,51.4,53.3,55.3,57.6,59.2. 我用的反应体系是2ulDNA, 1.5mM MgCl2,0.2mMdNTPs,0.15uM primer,1U Taq。循环参数:94度,7分,(94度 30秒,45度开始的温度梯度,45秒, 72度 3分)35个循环。最后72度,7分钟


跑出条带的退火温度比Tm值高,但是又只有三条条带,条带数太少了。看文献中普遍能有十几条,少点可能6,7条。请大家帮忙分析下原因,请高手指教该如何去优化实验方案?

[ Last edited by amisking on 2009-9-13 at 18:30 ]
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xihanlianz

银虫 (正式写手)

自己顶一下
2楼2009-09-13 18:09:00
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xihanlianz

银虫 (正式写手)

自己再顶一下,希望有人赐教啊
3楼2009-09-14 08:15:59
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zhangjunem

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
首先应该确定模板DNA的量,电泳条带数量与所用引物和物种有关系!
4楼2009-09-14 09:10:48
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Sarah_Shy

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你引物浓度太低了,建议你加大引物浓度,我的体系中引物浓度为0.45uM
5楼2009-09-14 10:00:36
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xihanlianz

银虫 (正式写手)

谢谢大家给的意见
6楼2009-09-14 16:22:44
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