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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

[求助] 均方位移曲线问题

各位前辈,想请教一下,我在Materials studio中计算均方位移曲线,准备用同一个初始结构计算多次曲线求平均值,但是为什么同一个初始结构在第一次NPT后得到了图一,第二次NPT后得到了图二,为什么有这么大的差距呢?怎么才能得到更为准确的均方位移曲线呢?NPT各个参数均是一样的。

均方位移曲线问题
图一


均方位移曲线问题-1
图二
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天天进步啊

木虫 (著名写手)

NVT

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2楼2022-08-03 08:58:23
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 08:58:23
NVT

我看到有人说NVT更好一点,但是我这个是按照一个文献做的算例,他用的NPT,就是想请教一下完成这个的原因是什么?

发自小木虫Android客户端
3楼2022-08-03 10:23:48
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天天进步啊

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 10:23:48
我看到有人说NVT更好一点,但是我这个是按照一个文献做的算例,他用的NPT,就是想请教一下完成这个的原因是什么?
...

算气体的MSD,才用NPT

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
4楼2022-08-03 11:03:24
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 11:03:24
算气体的MSD,才用NPT...

我的就是气体啊,氢气

发自小木虫Android客户端
5楼2022-08-03 12:21:34
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天天进步啊

木虫 (著名写手)

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5楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 12:21:34
我的就是气体啊,氢气
...

那就MSD求平均吧

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分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
6楼2022-08-03 14:58:43
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 14:58:43
那就MSD求平均吧...

您好,我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因,想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的?

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7楼2022-08-05 11:55:43
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 11:55:43
您好,我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因,想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的?
...

不好意思,搞错了,好像默认就是周期性的,但我问了一下师兄,他说可能是:模型没有调整成分子链完整,导致分子链越过边界后会有跳跃的情况,请问这种能否在MS中设置?

发自小木虫Android客户端
8楼2022-08-05 12:21:35
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天天进步啊

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 12:21:35
不好意思,搞错了,好像默认就是周期性的,但我问了一下师兄,他说可能是:模型没有调整成分子链完整,导致分子链越过边界后会有跳跃的情况,请问这种能否在MS中设置?
...

你说的应该是分子跑到盒子外面,没有拉回到盒子里面吧,这种情况没有任何影响
分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
9楼2022-08-05 15:00:42
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)

10楼2022-08-05 16:20:29
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