应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 均方位移曲线问题
101/1返回列表
查看: 1514  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者灵山在汝心将赠送您 100 个金币

灵山在汝心

新虫 (小有名气)

[求助] 均方位移曲线问题

各位前辈，想请教一下，我在Materials studio中计算均方位移曲线，准备用同一个初始结构计算多次曲线求平均值，但是为什么同一个初始结构在第一次NPT后得到了图一，第二次NPT后得到了图二，为什么有这么大的差距呢？怎么才能得到更为准确的均方位移曲线呢？NPT各个参数均是一样的。

均方位移曲线问题
图一


均方位移曲线问题-1
图二
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2022-08-02 19:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
NVT

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
2楼2022-08-03 08:58:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 08:58:23
NVT

我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2022-08-03 10:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 10:23:48
我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？
...

算气体的MSD，才用NPT
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
4楼2022-08-03 11:03:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 11:03:24
算气体的MSD，才用NPT...

我的就是气体啊，氢气

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2022-08-03 12:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 12:21:34
我的就是气体啊，氢气
...

那就MSD求平均吧
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
6楼2022-08-03 14:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 14:58:43
那就MSD求平均吧...

您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
7楼2022-08-05 11:55:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 11:55:43
您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？
...

不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2022-08-05 12:21:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 12:21:35
不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？
...

你说的应该是分子跑到盒子外面，没有拉回到盒子里面吧，这种情况没有任何影响
赞一下 回复此楼
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
9楼2022-08-05 15:00:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
好的

发自小木虫Android客户端
回复此楼
10楼2022-08-05 16:20:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 灵山在汝心 的主题更新
101/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿天津大学材料与化工275求调剂 10+4 穿只靴子 2026-03-07 15/750 2026-03-10 10:07 by 30660438
[考研] 320材料与化工，求调剂 +11 鹤遨予卿 2026-03-04 13/650 2026-03-09 19:39 by 30660438
[考研] 313求调剂 +4 Yyt杨1 2026-03-07 5/250 2026-03-09 13:48 by macy2011
[考研] 297求调剂 +3 胡达灵 2026-03-05 5/250 2026-03-08 23:13 by 清风月
[考研] 一志愿武理314求调剂 +4 （￣～￣;） 2026-03-08 5/250 2026-03-08 23:12 by L135790
[考研] 考研求调剂，工科，总分304 +4 矮子不想长高了 2026-03-08 7/350 2026-03-08 22:21 by 小木虫tim
[考研] 083000环境科学与工程调剂 +5 加油呀fxy 2026-03-07 6/300 2026-03-08 21:07 by sdgdsdgd
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-08 3/150 2026-03-08 19:34 by ms629
[考研] 346分材料求调剂 +5 snow_反季节版 2026-03-07 5/250 2026-03-07 22:40 by Leeding1356
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 求调剂 +3 snw石 2026-03-07 3/150 2026-03-07 20:01 by houyaoxu
[考研] 一志愿武汉理工085601，初试301分，请问能调剂到湖北吗 +3 肖yang 2026-03-06 3/150 2026-03-07 19:08 by ms629
[考研] 304求调剂 +4 52hz~~ 2026-03-05 5/250 2026-03-07 15:47 by lature00
[考研] 求调剂推荐 +4 微辣不吃 2026-03-06 4/200 2026-03-07 00:28 by leaiy
[考研] 一志愿211，0860总分286食品工程专业求调剂 +6 林林Winnie 2026-03-05 6/300 2026-03-06 20:06 by 我想上研究生.
[考研] 334求调剂 +3 Trying] 2026-03-03 4/200 2026-03-05 16:39 by zhukairuo
[考研] 347求调剂 +6 啊欧欧欧 2026-03-03 8/400 2026-03-05 11:40 by 0202liuyan
[考研] 085601 材料工程 320 +6 和乐瑶 2026-03-03 6/300 2026-03-04 16:01 by chixmc
[考研] 一志愿314求调剂 +7 202111120625 2026-03-03 7/350 2026-03-04 15:56 by zhukairuo
[考研] 一志愿西交大材料学硕 346 求调剂 +3 zju51 2026-03-04 3/150 2026-03-04 13:01 by zhukairuo
[考研] 085601 材料305分求助 +4 泡泡邮件 2026-03-03 6/300 2026-03-04 13:00 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭