应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 均方位移曲线问题
101/1返回列表
查看: 1532  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者灵山在汝心将赠送您 100 个金币

灵山在汝心

新虫 (小有名气)

[求助] 均方位移曲线问题

各位前辈，想请教一下，我在Materials studio中计算均方位移曲线，准备用同一个初始结构计算多次曲线求平均值，但是为什么同一个初始结构在第一次NPT后得到了图一，第二次NPT后得到了图二，为什么有这么大的差距呢？怎么才能得到更为准确的均方位移曲线呢？NPT各个参数均是一样的。

均方位移曲线问题
图一


均方位移曲线问题-1
图二
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2022-08-02 19:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
NVT

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
2楼2022-08-03 08:58:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 08:58:23
NVT

我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2022-08-03 10:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 10:23:48
我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？
...

算气体的MSD，才用NPT
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
4楼2022-08-03 11:03:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 11:03:24
算气体的MSD，才用NPT...

我的就是气体啊，氢气

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2022-08-03 12:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 12:21:34
我的就是气体啊，氢气
...

那就MSD求平均吧
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
6楼2022-08-03 14:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 14:58:43
那就MSD求平均吧...

您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

灵山在汝心
7楼2022-08-05 11:55:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 11:55:43
您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？
...

不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2022-08-05 12:21:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 12:21:35
不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？
...

你说的应该是分子跑到盒子外面，没有拉回到盒子里面吧，这种情况没有任何影响
赞一下 回复此楼
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
9楼2022-08-05 15:00:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

灵山在汝心

新虫 (小有名气)
好的

发自小木虫Android客户端
回复此楼
10楼2022-08-05 16:20:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 灵山在汝心 的主题更新
101/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 13/650 2026-03-15 12:20 by NSFC2026我来了
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 环境调剂 +6 晓看天暮看云 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:16 by JourneyLucky
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕，一志愿中国矿业大学，总分314，求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 研究生招生 +3 徐海涛11 2026-03-10 7/350 2026-03-12 14:26 by 徐海涛11
[硕博家园] 木虫好像不热闹了，是不是？ +4 偏振片 2026-03-10 4/200 2026-03-10 09:51 by longwave
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭