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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 均方位移曲线问题
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【悬赏金币】回答本帖问题，作者灵山在汝心将赠送您 100 个金币

灵山在汝心

新虫 (小有名气)

[求助] 均方位移曲线问题

各位前辈，想请教一下，我在Materials studio中计算均方位移曲线，准备用同一个初始结构计算多次曲线求平均值，但是为什么同一个初始结构在第一次NPT后得到了图一，第二次NPT后得到了图二，为什么有这么大的差距呢？怎么才能得到更为准确的均方位移曲线呢？NPT各个参数均是一样的。

均方位移曲线问题
图一


均方位移曲线问题-1
图二
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1楼 2022-08-02 19:16:49
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
NVT

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灵山在汝心
2楼2022-08-03 08:58:23
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 08:58:23
NVT

我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？

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3楼2022-08-03 10:23:48
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
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3楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 10:23:48
我看到有人说NVT更好一点，但是我这个是按照一个文献做的算例，他用的NPT，就是想请教一下完成这个的原因是什么？
...

算气体的MSD，才用NPT
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灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
4楼2022-08-03 11:03:24
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 11:03:24
算气体的MSD，才用NPT...

我的就是气体啊，氢气

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5楼2022-08-03 12:21:34
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
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5楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-03 12:21:34
我的就是气体啊，氢气
...

那就MSD求平均吧
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灵山在汝心
分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
6楼2022-08-03 14:58:43
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-08-03 14:58:43
那就MSD求平均吧...

您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？

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灵山在汝心
7楼2022-08-05 11:55:43
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 11:55:43
您好，我了解到可能是没有设置周期性边界条件的原因，想请教一下前辈MS中无定形晶胞怎么设置周期性边界条件的？
...

不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？

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8楼2022-08-05 12:21:35
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 灵山在汝心 at 2022-08-05 12:21:35
不好意思，搞错了，好像默认就是周期性的，但我问了一下师兄，他说可能是:模型没有调整成分子链完整，导致分子链越过边界后会有跳跃的情况，请问这种能否在MS中设置？
...

你说的应该是分子跑到盒子外面，没有拉回到盒子里面吧，这种情况没有任何影响
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
9楼2022-08-05 15:00:42
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灵山在汝心

新虫 (小有名气)
好的

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10楼2022-08-05 16:20:29
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