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一粒种子

银虫 (小有名气)

[求助] 求助,sgRNA引物设计时,为什么BsaI的酶切位点为GGCA和AAAC? 已有2人参与

求助,bsai的酶切位点为
   5’.....ggtctc(n)1.....3‘
   3’.....ccagag(n)5......5‘
为什么在设计sgrna时,正向引物的5’端加入的碱基是ggca,反向引物的5’端加入的是aaac?
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
一粒种子: 金币+10, 原来是与载体的结构序列有关,非常感谢您! 2022-07-19 15:39:15
BsaI酶的识别位点,和剪切位点是不同的。

  5’.....ggtctc(n)1.....3‘
   3’.....ccagag(n)5......5‘
ggtctc是识别位点,然后+1后才会切,后面的序列可以随便是什么。而当时这个载体的发明人,就恰好设计成ggca。
另一端为什么是AAAC呢?一位还有第二个BsaI酶的位点,载体的发明人第二个切的地方设计成AAAC。
你仔细把序列看一下,就会明白
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
2楼2022-07-16 13:46:52
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AD_com

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
设计引物的时候人为构建一个酶切位点,BsaI的识别和切割位点是不一样的,
3楼2022-07-16 18:55:34
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一粒种子

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by AD_com at 2022-07-16 18:55:34
设计引物的时候人为构建一个酶切位点,BsaI的识别和切割位点是不一样的,

好的,已明白,非常感谢您!
4楼2022-07-19 15:40:01
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