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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 求助，sgRNA引物设计时，为什么BsaI的酶切位点为GGCA和AAAC?
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一粒种子

银虫 (小有名气)

[求助] 求助，sgRNA引物设计时，为什么BsaI的酶切位点为GGCA和AAAC? 已有2人参与

求助，bsai的酶切位点为
   5’.....ggtctc（n）1.....3‘
   3’.....ccagag（n）5......5‘
为什么在设计sgrna时，正向引物的5’端加入的碱基是ggca，反向引物的5’端加入的是aaac?
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1楼 2022-07-15 17:02:09
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
一粒种子: 金币+10, 原来是与载体的结构序列有关，非常感谢您！ 2022-07-19 15:39:15
BsaI酶的识别位点，和剪切位点是不同的。

  5’.....ggtctc（n）1.....3‘
   3’.....ccagag（n）5......5‘
ggtctc是识别位点，然后+1后才会切，后面的序列可以随便是什么。而当时这个载体的发明人，就恰好设计成ggca。
另一端为什么是AAAC呢？一位还有第二个BsaI酶的位点，载体的发明人第二个切的地方设计成AAAC。
你仔细把序列看一下，就会明白
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
2楼2022-07-16 13:46:52
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AD_com

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
设计引物的时候人为构建一个酶切位点，BsaI的识别和切割位点是不一样的，
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3楼2022-07-16 18:55:34
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一粒种子

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by AD_com at 2022-07-16 18:55:34
设计引物的时候人为构建一个酶切位点，BsaI的识别和切割位点是不一样的，

好的，已明白，非常感谢您！
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4楼2022-07-19 15:40:01
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